В 1982—1985 годах учился в аспирантуреАкадемии общественных наук при ЦК КПСС. После окончания учёбы и защиты кандидатской диссертации был приглашён на работу в Академию в качестве заведующего отделом Института научного атеизма. Докторская диссертация была посвящена исследованию влияния зарубежных пропагандистских центров на религиозную ситуацию и ход демократических процессов в СССР (вторая половина 80-х — начало 90-х гг.)[4]. Особое внимание уделял зарубежной радиопропаганде, религиозно-пропагандистским и миссионерским центрам, таким как «Славянская миссия» (Швеция), «Иисус коммунистическому миру» (США), «Фриденштимме» (ФРГ), деятельности на территории СССР и России зарубежных религиозных организаций и проповедников. В течение двух лет работал в ЦК КПСС в должности специалиста[уточнить] по государственно-церковным отношениям и проблемам религиоведения[3].
Н. А. Трофимчук принимал участие в проходившей в 23-24 апреля1998 года Всероссийской научно-практической конференции «Христианство и ислам на рубеже веков», где затронул вопрос о миссионерской деятельности в системе политических отношений.[5]
Трофимчук Н. А. Новому времени — новые обряды, праздники. — Алма-Ата: о-во «Знание» КазССР, 1980. — 36 с.
Трофимчук Н. А. Разоблачение антисоветской буржуазно-клерикальной пропаганды-важный участок атеистической работы. — М.: О-во «Знание» РСФСР, 1986. — 45 с. — (В помощь лектору. О-во «Знание» РСФСР, Секция пропаганды науч.-атеист. знаний).
Актуальные вопросы атеистического воспитания на современном этапе: Сб. ст. / Сост. Трофимчук Н. А.. — М.: Знание, 1986. — 64 с.
Трофимчук, Н. А., Титов Н. Ю. Проблемы противодействия буржуазно-клерикальной пропаганде: вопросы и ответы. — М.: О-во «Знание» РСФСР, 1988. — 48 с. — (В помощь лектору. О-во «Знание» РСФСР, Секция пропаганды науч. атеизма).
Трофимчук Н. А. Клерикальная радиопропаганда — орудие «психологической войны». — М.: Знание, 1988. — 64 с. — (Новое в жизни, науке, технике).
Национальная культура и религия : Круглый стол, 16-17 янв. 1989 г. : (Стеногр. отчет) / [Редкол.: Н. А. Трофимчук (отв. ред.) и др.]. — М. : АОН при ЦК КПСС, 1989. — 145 с.; В надзаг.: Акад. обществ. наук при ЦК КПСС, Ин-т науч. атеизма
Мигович И. И., Трофимчук Н. А. Развитие взаимоотношений государства и церкви в контексте нового политического мышления: Вопр.и ответы. — М.: Об-во «Знание» РСФСР, 1990.
Трофимчук Н. А. Оружием правды. — Баку: О-во «Знание» АзССР, 1988. — 45 с. — (В помощь лектору.).
Трофимчук Н. А. Оружием правды: разоблачение деятельности зарубежных клерикальных центров. — Алма-Ата: Казахстан, 1990. — 71 с. — ISBN 5-615-00436-3.
Трофимчук Н. А. Клерикальная пропаганда: цели и средства. — Алма-Ата: О-во «Знание» КазССР, 1989. — 20 с.
Трофимчук Н. А. Процессы перестройки в отражении зарубежной клерикальной пропаганды. — Ашхабад, 1990. — 24 с. — ISBN 5-8315-0020-9.
Трофимчук Н. А., Иваненко С. И. Религиозные самодеятельные объединения в наши дни. — М.: О-во «Знание» РСФСР, 1990. — 40 с.
Трофимчук Н. А., Иваненко С. И. Новые религиозные объединения: поиски, противоречия, надежды. — М.: Знание, 1991. — Т. 2. — 62 с. — (Новое в жизни, науке и технике). — ISBN 5-07-001604-0.
Трофимчук Н. А. Христианские движения: Вопросы и ответы. — Киев: О-во «Знание» УССР, 1991. — 46 с. — (2, «Мировоззрение»). — ISBN 5-7770-0264-1.
Государственно-церковные отношения в России: Материалы «круглого стола», 27-28 окт. 1992 г. ( / Российская академия управления Гуманитарный центр, Центр проблем философии, истории, религии, свободы совести (ФИРСС); Сост. Н. А. Трофимчук. — М.: Луч, 1993. — 134 с.
Религия. Национальное согласие и возрождение России : [Материалы конф., 26 марта 1993 г. / Рос. акад. управления, Гуманит. центр, Ноосфер.-экол. ин-т; Редкол.: Трофимчук Н. А. и др.. — М.: Луч, 1993. — 162 с.
Экология и религия : В 2 ч. Ч. 1 / Рос. акад. управления, Центр гуманит. подгот. кадров управления, Ноосфер.-экол. ин-т; Сост. Н. А. Трофимчук. — М.: Луч, 1994. — 206 с.
Экология и религия : В 2 ч. Ч. 2 / Рос. акад. управления, Центр гуманит. подгот. кадров управления, Ноосфер.-экол. ин-т; Сост. Н. А. Трофимчук. — М.: Луч, 1994. — 207—416 с.
Ангел-хранитель земли Русской : Памяти Преподобного Сергия Радонежского: Сборник / Сост. Н. А. Трофимчук. — М.: Луч, 1994. — 141 с. — (Мыслители России). — ISBN 5-7005-0093-0.
Государственно-церковные отношения в России: Сборник. Ч. 1 / Рос. акад. гос. службы при Президенте РФ ; Отв. ред. Отв. ред. Ф. Г. Овсиенко, Н. А. Трофимчук. — М.: РАГС, 1995. — 257 с.
Религиозные организации Советского Союза в годы Великой Отечественной войны 1941—1945 гг. : Материалы «круглого стола», посвящ. 50-летию Победы, 13 апр. 1995 г. / Рос. акад. гос. службы при Президенте Рос. Федерации. Каф. религиоведения, ТОО «Содружество»; Редкол.: Трофимчук Н. А. (отв. ред.) и др.. — М.: РАГС, 1995. — 171 с.
Государственно-церковные отношения в России. Курс лекций / Отв. ред. Ф. Г. Овсиенко, Н. А. Трофимчук. — М.: РАГС, 1995. — 170 с.
Государственно-церковные отношения в России (опыт прошлого и настоящего) / Ф. Г. Овсиенко, М. И. Одинцов, Н. А. Трофимчук и др.. — М.: РАГС, 1996.
История религий в России / Под ред. Н. А. Трофимчука. — М.: Агент, 1998. — 528 с.
Мировой опыт государственно-церковных отношений : Учеб. пособие / Рос. акад. гос. службы при Президенте РФ; Под общ. ред. д-ра филос. наук, проф. Н. А. Трофимчука. — М.: Изд-во РАГС, 1998. — 305 с.
Новые религиозные культы, движения и организации в России / Под ред. Н. А. Трофимчука. — 2-е изд., доп. и перераб.. — М.: Изд-во РАГС, 1998.
История религий в России : Учебник / Баширов Л. А., Зуев Ю. П., Керимов Г. М. и др.); Под ред. Н. А. Трофимчука; Рос. акад. гос. службы при Президенте Рос. Федерации. — М.: Изд-во РАГС, 2001. — 591 с. — ISBN 5-7729-0072-2.
История религий в России : Учебник / Баширов Л. А., Зуев Ю. П., Керимов Г. М. и др.]; Под общ. ред. Н. А. Трофимчука; Рос. акад. гос. службы при Президенте Рос. Федерации. — М.: Изд-во РАГС, 2002. — 591 с. — ISBN 5-7729-0101-X.
История религий в России: Учебник / Под общ. ред. О. Ю. Васильевой, Н. А. Трофимчука. — 2-е изд., доп. — М.: Изд-во РАГС, 2004. — 696 с. — (Учебники РАГС при Президенте РФ). — ISBN 5-7729-0235-0.
Статьи
Трофимчук Н. А.Деятельность партийных комитетов по повышению эффективности противодействия буржуазно-клерикальной пропаганде // Вопросы научного атеизма. Вып. 34 / Редкол. В. И. Гараджа (отв. ред.) и др.; Акад. обществ. наук ЦК КПСС. Ин-т научного атеизма. — М.: Мысль, 1986. — С. 129—144. — 301 с. — 20 425 экз.
Трофимчук Н. А.Новые религиозные движения: понятия, критерии // Религия и политика в современной России: Сб. ст. / Под ред. Н. А. Трофимчука. — М.: РАГС, 1997. — С. 57—66. — 82 с.
Трофимчук, Н. А., Зуев М. П. Миссионерская деятельность в системе политических отношений // Социология власти. — М., 1998. — № 2/3. — С. 92—165.
Трофимчук. Н. А. Защита религиозной свободы в контексте внешней политики США // Религия и право. — 1999. — № 3.
Трофимчук Н. А. Чего добиваются борцы с новыми сектами? // Религия и право. — 1999. — № 6. — С. 20—22.
Трофимчук Н. А. Государственно-церковные отношения: проблемы и пути их решения // Исторический вестник. — М., 2000. — № 7(11). — С. 338—343.
Трофимчук Н. А. Миссионерская деятельность в системе политических отношений // Исторический вестник. — М., 2000. — № 7(11. — С. 344—349.
Баширов Л. А., Трофимчук Н. А.Ислам и этнополитические конфликты в современной России // Религия и культура. — М., 2000.
Овсиенко Ф. Г., Трофимчук Н. А.Православие в контексте развития федеративных и этнополитических отношений в Российской Федерации // Религия и культура / Реф. Сб. РАН ИНИОН / отв. ред. Скворцов Л. В., сост. Девина И. В.. — М.: ИНИОН РАН, 2000. — 228 с.
Баширов Л. А., Трофимчук Н. А.Ислам и этнополитические конфликты в современной России // Религия и культура / Реф. Сб. РАН ИНИОН / отв. ред. Скворцов Л. В., сост. Девина И. В.. — М.: ИНИОН РАН, 2000. — 228 с.
Трофимчук Н. А.О концепции государственно-конфессиональных отношений в современной России // Этноконфессиональный диалог: состояние, противоречия, перспективы развития: Материалы. межрегиональной научно-практической конференции. — Оренбург: Издательский центр ОГАУ, 2002.
Трофимчук Н. А.О некоторых аспектах развития религиоведения в России // Десять лет по пути свободы совести. Проблемы реализации конституционного права на. свободу совести деятельность религиозных объединений: Материалы научно-практического семинара / Под ред. А. В. Пчелинцева. — М.: Институт религии и права, 2002.
Кравчук В. В., Трофимчук Н. А.Причины распространения новых религиозных движений в России // История религий в России: Учебник / Под общ. ред. О. Ю. Васильевой, Н. А. Трофимчука. — 2-е изд., доп. — М.: Изд-во РАГС, 2004. — 696 с. — (Учебники РАГС при Президенте РФ). — ISBN 5-7729-0235-0.
К настоящему времени в России сложилось несколько центров по изучения нетрадиционных религий. Крупнейший из них — кафедра религиоведения Российской Академии Государственной службы при Президенте РФ, долгое время возглавляемая д.ф.н., профессором H.A. Трофимчуком. Под его руководством был издан единственный на сегодня светский словарь-справочник «Новые религиозные культы, движения и организации в России», который содержит взвешенные, объективные характеристики феномена в делом и его конкретных проявлений. На кафедре были защищены первые в России кандидатские и докторские диссертации по проблемам нетрадиционных религий и государственно-правового регулирования их деятельности[13]
Первый заместитель губернатора Челябинской области А. Н. Косилов в интервью газете «Спецназ России» отмечал, что
Н. А. Трофимчук пользовался огромным авторитетом как ведущий российский учёный — специалист в области взаимоотношений государства и религиозных объединений. […] Добрая память о Николае Антоновиче Трофимчуке — большом учёном и патриоте России — хранится среди учёных-религиоведов и выпускников кафедры — служащих органов государственной власти и муниципального самоуправления практически всех республик, краев и областей Российской Федерации. Последняя научно-практическая конференция, организованная Н. А. Трофимчуком в декабре 2001 года, называлась «Религия и проблемы национальной безопасности России». На ней впервые в России религиозная, духовная сфера жизни общества была рассмотрена как неотъемлемый фактор поддержания и укрепления национальной безопасности России.[14]
↑Иваненко С. И. Свидетели Иеговы — традиционная для России религиозная организация. — М.: Арт-Бизнес-Центр, 2002. — С. 11. — 208 с. — ISBN 5-7287-0226-0.
↑Габдулгафарова И. М. Хроника научной жизни «Христианство и ислам на рубеже веков» (О состоявшейся в Оренбурге 23 — 24 апреля 1998 г. Всероссийской научно — практической конференции) // Теоретический журнал «Credo», № 3 1998; Автор — кандидат философских наук, доцент и заведующая кафедрой истории Отечества и социально-политических теорий ОГПУ,