Тренерскую карьеру начал в 1992 году в клубе «Дружба» из Будённовска. После окончания сезона 1993 года, не сумев добиться успехов со своей командой, на три года прекратил тренерскую деятельность. С 1996 по 1997 год работал в баксанской «Автозапчасти», где его помощником был начинающий специалист Юрий Красножан.
В 2004 году отработал сезон во владикавказском «Автодоре». В 2005 и 2006 годах работал старшим тренером в «Сатурне» и «Тереке».
В 2006 году по ходу сезона возглавил клуб второго дивизиона «Звезда» (Серпухов). По окончании первенства переехал в Рязань, где работал с клубом «Спартак-МЖК» в первом дивизионе, но после трёх поражений и одной ничьей на старте был уволен.
С 2007 по 2008 год работал в клубе второго дивизиона «Луховицы». В ноябре 2007 года возглавлял выигравшую турнир «Надежда» сборную зоны «Центр» Второго дивизиона. С мая 2008 по 2009 год тренировал «Салют-Энергию».
По окончании сезона 2009 года принял предложение «Краснодара», подписав с клубом контракт сроком на два года[5]. В сезоне-2010 под руководством Ташуева клуб занял пятое место. 6 ноября покинул клуб, заявив, что может возглавить команду Премьер-лиги[6][7].
16 июня 2011 года, после отставки с поста главного тренера Владимира Эштрекова, подписал соглашение с нальчикским «Спартаком», находившимся на момент назначения Ташуева на последней строке турнирной таблицы чемпионата России[8]. 7 апреля 2012 года подал в отставку с поста главного тренера команды по причине неудовлетворительных результатов коллектива в весенней части первенства[9]. 5 мая 2012 года стало известно о подписании Ташуевым договора о намерениях вновь возглавить белгородский «Салют» в случае выхода клуба в ФНЛ[10]. По окончании сезона 2011/12 был утверждён в должности главного тренера команды[11].
7 августа 2013 года назначен главным тренером донецкого «Металлурга»[12].
22 мая 2014 года клуб «Анжи» объявил о достижении с Ташуевым соглашения о работе в качестве главного тренера. 26 мая 2015 года стало известно об увольнении Ташуева[13].
17 сентября 2015 назначен главным тренером «Кубани»[14]. Покинул свой пост 26 апреля 2016 года по собственному желанию[15], когда «Кубань» после 25 игр находилась на 14 месте в чемпионате.
9 января 2021 года, после ухода Магомеда Адиева, был официально назначен на должность главного тренера песчанокопской «Чайки» из первенства ФНЛ[20]. В апреле 2022 года вновь возглавил солигорский «Шахтёр»[21], а в конце сентября завершил своё сотрудничество с «горняками»[22].
22 сентября 2022 года был назначен главным тренером грозненского «Ахмата», заключив контракт до конца сезона[23]. По итогам сезона 2022/23 годов команда заняла 5-е место в чемпионате страны. 15 августа 2023 года Ташуев был снят с должности. К этому моменту клуб проиграл два матча подряд в розыгрыше Кубка страны и три игры из четырёх в первенстве РПЛ[24].
8 сентября 2023 года Сергей Ташуев стал главным тренером воронежского «Факела», сменив на этом посту Вадима Евсеева[25]. 26 апреля 2024 года покинул клуб по семейным обстоятельствам[26].
3 сентября 2024 года вернулся в «Ахмат», подписав контракт на два года[27].
↑иногда встречается неправильное отчество Альбертович
↑Тигран Арутюнян.[sport24.ru/news/football/intervyu-glavnogo-trenera-akhmata-sergeya-tashuyeva-o-chechne-kadyrove-galitskom-kerimove-rabote-na-ukraine-pobede-nad-zenitom «Половина тренеров в российском футболе — мои ученики». Чечня, Галицкий, Украина: истории тренера, видевшего все] (неопр.). Sport24 (16 ноября 2022). Дата обращения: 16 ноября 2022. Архивировано 16 ноября 2022 года.
Некоторые внешние ссылки в этой статье ведут на сайты, занесённые в спам-лист
Эти сайты могут нарушать авторские права, быть признаны неавторитетными источниками или по другим причинам быть запрещены в Википедии. Редакторам следует заменить такие ссылки ссылками на соответствующие правилам сайты или библиографическими ссылками на печатные источники либо удалить их (возможно, вместе с подтверждаемым ими содержимым).