С 24 апреля 1944 года, кораблю было присвоено почётное наименование «Герой Советского Союза Нурсеитов», в честь Героя Советского Союза Джаппасбая Нурсеитова[1], отличавшегося при форсированииДнепра.
Начало Великой Отечественной войны С-16 встретила на заводе № 112 в достройке, степень готовности оценивалась в 72 %. Осенью 1941 года лодку отбуксировали в затон близ города Камышин, где она пробыла всю зиму, после чего весной её вернули на завод и неспешно, ввиду перепрофилирования «Красного Сормова» на выпуск танков, достраивали до октября 1943 года. Подводная лодка приёмные испытания прошла в Баку на сдаточной базе зимой 1943-44 года, вступила в строй Каспийской флотилии[1] (дата подписания приёмного акта) 10 февраля1944 года, несмотря на отсутствие целого ряда приборов и механизмов, включая 100-мм орудие.
В марте — мае 1944 года внутренними водными путями С-16 была переведена в Молотовск. При этом в апреле ей было присвоено почётное наименование в честь Героя Советского Союза Джаппасбая Нурсеитова, отличавшегося при форсировании Днепра[1].
За время Великой Отечественной войны С-16 успела совершить один боевой поход (7 — 21 ноября 1944 года), обнаружила идущий на запад конвой противника, однако выйти в атаку не смогла, не успев занять атакующую позицию.
До 29 декабря 1955 года С-16 продолжала службу в составе Северного флота, после чего прослужила ещё около года как плавучая зарядовая станция под наименованиями ПЗС-28 и ЗАС-3[2].
12 марта 1958 года лодку исключили из списка плавсредств флота и списали на слом.
Морозов М. Э., Кулагин К. Л. «Эски» в бою. Подводные лодки Маринеско, Щедрина, Лисина. — М.: Коллекция, Яуза, ЭКСМО, 2008. — 128 с. — ISBN 978-5-699-25627-3.
Платонов А. В. Энциклопедия советских подводных лодок 1941—1945. — М.: АСТ, 2004. — 592 с. — 3000 экз. — ISBN 5-17-024904-7.
.svg){kind=small}