Расположена на возвышенном северном берегу Столбушинского озера в лесах в 20 км к юго-западу от районного центра — города Новоржева. По восточной окраине протекает речка, вытекающая из озера и впадающая в Вержу. В полукилометре к северо-западу находится деревня Извоз.
Столбушино упоминается в источниках не позднее XVIII века.
Название деревни было использовано при создании компании «Столбушинский продукт», специализирующейся на производстве и продаже продуктов питания (сбитней, фиточаёв, овощных цукатов и т. д.), созданных на основе традиционных русских рецептур[4].
В конце XIX — начале XX вв. при храме действовала церковноприходская школа, построенная на средства церкви в 1896 году, имелась богатая библиотека. К церкви были приписаны две часовни: одна — на расположенном рядом с церковью кладбище, другая — в деревне Ульяново[6].
До 1962 года храм был действующим. После закрытия стал постепенно разрушаться, и к концу 1990-х гг. находился в фактически руинированном состоянии. Иконы иконостаса церкви были вывезены в 1980 году в Псковский музей-заповедник[6]. Перед церковью (с северной стороны) сохранялись ворота погоста, уничтоженные в ходе последующих реставрационных работ (см. фото).
С 1998 года в соответствии с постановлением Псковского областного Собрания депутатов «Об утверждении государственного списка недвижимых памятников истории и культуры, подлежащих охране как памятники местного значения» № 542 от 30.01.1998 г. церковь в д. Столбушино приобрела статус памятника истории и культуры регионального значения[7].