В списке представлены населённые пункты городского округа Истра Московской области и их принадлежность к бывшим муниципальным образованиям (3 городским и 11 сельским поселениям) упразднённого Истринского муниципального района. Перечень населённых пунктов, их наименование и вид даны в соответствии с Законом Московской области от 28.02.2005 № 86/2005-ОЗ «О статусе и границах Истринского муниципального района и вновь образованных в его составе муниципальных образований». Численность населения дана на 2006 год.

После преобразования Истринского района в городской округ с целью исключения наличия у двух одноимённых населённых пунктов одинаковых категорий постановлением Губернатора Московской области № 314-ПГ от 30 июля 2018 года:

• деревня Горки бывшего сельского поселения Ядроминское преобразована в село;
• деревня Ивановское бывшего сельского поселения Ермолинское преобразована в село;
• деревня Ивановское бывшего сельского поселения Павло-Слободское преобразована в посёлок;
• деревня Леоново бывшего сельского поселения Бужаровское преобразована в село;
• деревня Лужки бывшего сельского поселения Ядроминское преобразована в село;
• деревня Надеждино упразднённого Деньковского сельского округа сельского поселения Новопетровское преобразована в село;
• деревня Петровское бывшего сельского поселения Ивановское преобразована в село,

а постановлением Губернатора Московской области № 646-ПГ от 27 декабря 2019 года деревня Кучи бывшего сельского поселения Новопетровское преобразована в село.

На территории городского округа Истра находятся 240 населённых пунктов (2 города, 1 дачный посёлок, 32 посёлка, 13 сёл, 189 деревень и 3 хутора):