Первый матч сборная Гондураса провела в 1921 году и была разгромлена Гватемалой 1:10. Длительное время Гондурас не мог похвастаться большими успехами, ограничиваясь локальными удачами, такими, как победа над слабой сборной Никарагуа в 1946 году со счётом 13:0. Начиная с 1960-х годов уровень и интерес к футболу в стране медленно, но верно стал расти.
Первый «Золотой период» в истории сборной Гондураса пришёлся на начало 1980-х годов. Гондурас был выбран местом проведения чемпионата КОНКАКАФ для сборных (ныне именуемый Золотой кубок КОНКАКАФ). Гондурасцы блестяще провели турнир, обыграв все сборные, занявшие в таблице места ниже 4-го (4:0 — Гаити, 2:0 — Куба, 2:1 — Канада), сыграв вничью 0:0 с двумя призёрами турнира — Сальвадором и Мексикой — стали победителями турнира, впервые в своей истории.
Поскольку чемпионат КОНКАКАФ 1981 года был одновременно отборочным турниром к чемпионату мира 1982 года, Гондурас отправился (вместе со вторым призёром Сальвадором) защищать честь Северной, Центральной Америки и стран Карибского бассейна в Испанию. Команда достойно провела турнир, хотя и не смогла выйти из группы — были добыты ничьи с хозяевами турнира и Северной Ирландией (по 1:1), но минимальное поражение от Югославии (0:1) не позволило Гондурасу выйти в следующий раунд.
В 2001 году Гондурас пригласили в последний момент для участия в Кубке Америки, прошедшем в Колумбии. Гондурасцы в четвертьфинале сенсационно обыграли сборную Бразилии, а в матче за 3-е место обыграли Уругвай. Таким образом, Гондурас занял призовое 3-е место в своём единственном участии в одном из самых престижнейших футбольных турниров мира. Впоследствии Гондурас признавался одной из самых быстро прогрессирующих футбольных наций мира по версиям журнала «World Soccer», МФФИИС и ФИФА.
В 2009 году сборная Гондураса заняла 3-е место в финальной отборочной группе КОНКАКАФ и во второй раз в своей истории участвовала в финальной стадии чемпионата мира по футболу 2010 в ЮАР, где взяла только одно очко, сыграв вничью со Швейцарией (0:0). Две оставшихся встречи с Чили и Испанией «катра́чос» проиграли и заняли последнее место в группе, не забив ни одного мяча.
В 2019 году сборная установила уникальное достижение. На Золотом кубке КОНКАКАФ Гондурас занял последнее место в своей группе, но при этом забил больше чем остальные команды в группе, он забил 6 мячей. В то время Ямайка забила 4 гола (1 место), Кюрасао — 2 мяча (2 место), а Сальвадор (3 место) поразил ворота соперников лишь единожды.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
