В конце 1630-х и в 1644—1645 годах Ян Фредерик Сапега служил во французской армии, в том числе под командованием Великого Конде. Около 1647 года вернулся на родину.
В 1648 году принимал участие в неудачной битве с восставшими запорожскими казаками под Жёлтыми Водами, где после ранения Стефана Потоцкого принял на себя командованием польским корпусом. После поражения в битве попал в татарский плен, из которого был освобожден весной 1650 года.
В 1653 году Ян Фредерик Сапега получил должность писаря польного коронного. В мае того же 1653 года участвовал в военных операциях против отрядов крымских татар, был взят в плен в феврале 1654 года. В декабре 1654 года был освобожден из татарского плена и вернулся домой.
В 1655 году Ян Фредерик Сапега был избран послом на сейм, затем 20 сентября1655 года участвовал в битве с русско-казацким войском под Гродеком-Ягеллонским. 16 октября1655 года перешел на службу к шведскому королю Карлу Х Густаву, который высоко ценил его военные способности. Был одним из самых рьяных сторонником короля Швеции. В ноябре 1655 года был отправлен в литовский лагерь под Брестом-Литовским, чтобы убедить литовские хоругви перейти на шведскую службу. В декабре 1655 года сформировал две казацкие хоругви.
В феврале-марте 1656 года Ян Фредерик Сапега, будучи главным начальником польских конных хоругвей, сражавшихся на стороне Карла Х Густава, участвовал в военных операциях шведского короля против партизанских отрядов Стефана Чарнецкого. В феврале 1656 года участвовал в разгроме шведской армией Стефана Чарнецкого в битве под Голубом. В конце феврале был отправлен шведским королём послом к Яну «Себепану» Замойскому, чтобы убедить его сдать Карлу Х свою крепость Замостье.
28 марта1656 года польный писарь коронный Ян Фредерик Сапега под давлением своих подчиненных оставил шведскую службу. В дальнейшем служил в дивизии Стефана Чарнецкого и участвовал во многих военных кампаниях, в том числе в трёхдневной битве под Варшавой (1656), в походе польско-литовской армии против трансильванского князя Дъёрдя Ракоци (1657) и блокаде шведских гарнизонов в Пруссии (1658—1659).
Павел Франтишек Сапега (1656—1715), полковник литовских войск (1683), пробст коденский (1688), каноник варшавский, духовный секретарь великий литовский (1704), епископ жмудский (1715)