↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 26 апреля 2024 года.
↑ Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах.
Сапата — воспитанник клуба «Америка» из своего родного города Кали. В 2008 году он дебютировал за команду в Кубке Мустанга. 18 мая года в матче против «Бояка Чико» Дуван забил свой первый гол[2]. В том же году он помог клубу выиграть Клаусуру. В 2011 году после молодёжного чемпионата мира Сапата был отдан в аренду в аргентинский «Эстудиантес»[3][4]. 26 сентября в матче против «Бельграно» он дебютировал в аргентинской Примере[5]. В конце этой встречи Дуван забил свой первый гол за новый клуб. По итогам сезона Сапата 5 раз поразил ворота соперников в 11 матчах за «Эстудиантес» и руководство команды выкупило трансфер нападающего. Сумма сделки составила 1,2 млн евро. Весь следующий сезон Дуван был главной ударной силой клуба забив 17 голов в 35 поединках.
Летом 2015 года Сапата на правах аренды перешёл в «Удинезе». 23 августа в матче против «Ювентуса» он дебютировал за новую команду, заменив во втором тайме Антонио Ди Натале[9]. 19 сентября в поединке против «Эмполи» Дуван забил свой первый гол за «Удинезе»[10]. Летом 2017 года Сапата на правах аренды с обязательством выкупа перешёл в «Сампдорию»[11]. 17 сентября в матче против «Торино» он дебютировал за новую команду[12]. В этом же поединке Дуван забил свой первый гол за «Сампдорию».
Летом 2018 года Сапата на правах двухгодичной аренды перешёл в «Аталанту». 20 августа в матче против «Фрозиноне» он дебютировал за новую команду[13]. 9 декабря в поединке против своего бывшего клуба «Удинезе» Дуван сделал хет-трик[14]. 20 января 2019 года в матче против «Фрозиноне» он сделал «покер»[15]. По итогам дебютного сезона Сапата забил 23 гола и стал вторым бомбардиром чемпионата после Фабио Квальяреллы. 1 октября в матче Лиги чемпионов против донецкого «Шахтера» Дуван забил гол[16]. 1 марта 2020 года в поединке против «Лечче» он сделал хет-трик[17]. Летом того же года «Аталанта» выкупила трансфер игрока за 12 млн евро. В том же году в розыгрыше Лиги чемпионов против датского «Мидтьюлланна»[18] и амстердамского «Аякса»[19] он забил три мяча.
1 сентября 2023 года было объявлено об уходе игрока в аренду в «Торино». Соглашение рассчитано до 30 июня 2024 года. При этом за неделю до аренды тренер «Аталанты» Джан Пьеро Гасперини заблокировал переход игрока в столичную «Рому».