История клуба начинается с создания детско-юношеского баскетбольного клуба «Руна-Баскет», основанного в 2004 году.
В 2013 году на основе ДЮБК появился баскетбольный клуб «Руна-Баскет», мужская команда Первой лиги Первенства России.
В 2016 году клуб начал своё выступление в соревнованиях под эгидой Российской федерации баскетбола — второго дивизиона Суперлиги.
В 2017 году «Руна» получила статус Профессионального баскетбольного клуба.
В 2019 году «Руна» завоевала бронзовые медали детско-юношеской баскетбольной лиги.
Основная команда в сезоне 2019/20 начала выступление в Суперлиге-1.
В сезоне 2018/2019 «Руна» завоевала бронзовые медали Суперлиги-2, и уже в 2019 году команда мастеров начала своё выступление в мужской Суперлиге-1.
В июне 2024 года было объявлено об уходе команды из Единой лиги ВТБ из-за финансовых проблем.[1]
Руна-2
Перед стартом сезона 2020/2021 создаётся молодёжная команда «Руны» для выступления в Единой Молодёжной Лиге ВТБ. В свой первый сезон команда заняла 10 место в регулярном чемпионате.
Руна 3x3
Летом 2021 года основывается «Руна 3x3» — команда по баскетболу 3x3, принимающая участие во всероссийских и международных соревнованиях.
В октябре 2021 года команда завоевала бронзовые медали на Кубке России 3x3. Также «викинги» выиграли дивизион «Future» Единой Лиги Европы, одержав три победы в пяти отборочных турах.