В результате передачи храма приходской причт был объединён с полковым, а в 1877 году переведён в военное ведомство. При этом при храме остался приход в прежних границах.
В 1890 году храм был реставрирован и перестроен по проекту архитектора Ивана Шапошникова при участии Николая Никонова и в нём был устроен придел Вознесения Господня, после чего 5 (17) июня он был вновь освящён протопресвитером военного и морского духовенства Александром Желобовским в высочайшем присутствии.
В июле 2022 года во время работ по замене труб инженерных сетей сотрудники Водоканала обнаружили крипту — нижнюю церковь разрушенного в 1930-м году собора[2]. О находке уведомили ВООПИиК, однако никакого охранного статуса находке не присвоили. В результате, прямо через крипту прокладывают канализационные трубы[3][4]. По сведениям краеведов, в крипте храма был погребён генерал-адъютант Алекандр Струков (1840—1911)[4].
Собор был каменный, построен из кирпича на бутовом фундаменте. Купола храма были покрыты медью, а крыша — белым железом. Длина храма составляла 25,6 м; ширина — 18,5 м; высота с крестом — 33 м. Колокольня не была построена; колокола же помещались в арке над входом.
Подвал в храме отсутствовал, но под алтарем была устроена ризница, в которую из алтаря вела лестница. Над притвором размещались хоры.
Первоначально в храме был один престол — во имя святых апостолов Петра и Павла; в 1890 году, после реконструкции собора, был устроен придел Вознесения Господня.
Трехъярусный иконостас церкви с византийскими мотивами изготовил известный резчик по дереву В. Захаров. Иконы были написаны академиком В. К. Сазоновым.
Церковь во имя великомученика Иоанна Воина, построенная в 1906—1907 годах по проекту архитектора Е. С. Павлова. Храм находился в лагере полка близ деревни КуттузиПетергофского уезда. Деревянный храм был построен в древнерусском стиле, имел колокольню. Возведение и обустройство лагерной церкви осуществлялось под наблюдением князя М. С. Путятина, по желанию и личному указанию императрицы. Освящение храма произошло 24 июня (7 июля) 1907 года в присутствии Николая II. В 1912 году в церкви произошёл пожар, полностью уничтоживший её. В 1914 г. она была восстановлена в прежнем виде, однако после 1917 была закрыта и, по всей видимости, вскоре разобрана до основания.