Мощи преподобного Иоанна Рильского хранились с момента его смерти 18 июля 946 года по 19 октября 980 года в основанном им Рильском монастыре.
Передача мощей, вероятно, продиктована тем, что по мужской линии прервалась царская династия и кровь правившей в Болгарии династии Крума. В 970-е годы в КонстантинополеРоман был оскоплён из-за желания императора Иоанна Цимисхия не допустить продолжения династии болгарских царей.
Во времена Византийской Болгарии мощи Иоанна Рильского находились в Софии, но в 1183 году во время византийско-венгерской войны (1182—1185) венгерский король Бела III завоевал Средец и увёз мощи святого Иоанна Рильского в свою столицу Эстергом. Согласно преданию, местный римско-католический архиепископ высокомерно заявил, что не знает такого святого. За эти слова святой Иоанн наказывает его немотой. После поклона мощевику и просьбе о прощении его речь восстанавливается. Впечатлённые и встревоженные этим чудом, венгры в 1187 году вернули мощи святого в Средец.
30 июня 1469 года по просьбе Мары Бранкович перед султаном Мехмедом Завоевателем мощи Иоанна Рильского были возвращены в основанный им Рильский монастырь.[1] По пути из Велико-Тырново, в Софию все жители поклоняются мощам двух болгарских святых — Иоанна Рильского и короля Стефана Милутина.[2]