Предшественник команды «Металлург» — тбилисский клуб «Мерани-91», основанный в 1991 году. Победив в Восточной зоне Первой лиги в сезоне-1995/96, он в первом же своем сезоне в Высшей грузинской лиге занял 4-е место.
Это достижение так и осталось наивысшим успехом в истории клуба под названием «Мерани-91» (при этом команда «Мерани» в 1993 году была преобразована в другой клуб, а вторая команда «Мерани» — «Мерани-91» получила статус первой команды и впоследствии стала называться «Мерани»).
В ходе сезона-2002/03 из-за непростой финансовой ситуации и накопившихся у «Мерани-91» долгов было принято решение о реорганизации клуба. Руководство команды «Олимпи» Тбилиси (являвшейся молодёжной академией), намеревавшееся создать собственный футбольный клуб, выступило с инициативой оплатить долги «Мерани-91».
В результате руководителями «Олимпи» было фактически выкуплено место в Высшей лиге, и, таким образом, образовался новый клуб, получивший название «Мерани-Олимпи» (стал играть на тбилисском стадионе СКА), а команда «Мерани» перешла на региональный уровень[1].
Новое название: ФК «Тбилиси»
С 2003 года команда стала выступать под названием ФК «Тбилиси». В первый же сезон клуб занял в Высшей лиге 4-е место. Это дало право выступить в Кубке УЕФА. В первом отборочном раунде был пройден азербайджанский «Шамкир», но во втором раунде команда уступила польской «Легии».
В сезоне-2004/05 клуб едва не завоевал серебряные медали. Перед заключительной игрой чемпионата основной соперник — кутаисское «Торпедо» — занимал 2-е место, опережая ФК «Тбилиси» на 1 очко.
Матч в Кутаиси проходил в накаленной обстановке, взрыв которой пришёлся на 85-ю минуту при счете 1:0 в пользу хозяев. Очередной спор футболистов на поле перерос в массовую драку, к которой присоединились болельщики. Обеим командам было засчитано поражение, и столичный клуб остался на 3-м месте.
В 2005 году в Грузии вступил в силу новый налоговый кодекс, который, помимо всего прочего, регламентировал и игорный бизнес. Прекращение финансирования команды привело к печальным результатам. В первом круге чемпионата-2005/06 она в 15 матчах набрала 5 очков.
В перерыве между кругами руководство ФК «Тбилиси» выставило на трансфер сразу 3 десятка игроков и укомплектовалось на вторую половину чемпионата футболистами фарм-клуба➤, возраст которых не превышал 17 лет.
Тем не менее, тбилисцы, сохранили для команды прописку в Высшей лиге. На финише сезона они выиграли 4 матча подряд и всего 1 очко уступили кутаисскому «Торпедо» для гарантированного места в элите, а в переходном матче без проблем справились с «Мешакре»[англ.] из Агары — 4:1[2].
Переезд в Рустави: «Олимпи» Рустави
Летом 2006 года выступавшая в Первой лиге команда «Рустави» из-за финансовых проблем снялась с первенства, а ФК «Тбилиси» переехал в Рустави, сменив название на «Олимпи». При этом фарм-клуб («Тбилиси-2»)➤ сменил название на «Олимпи», сохранив принадлежность к Тбилиси, но через год переехал вслед за главной командой в Рустави, став называться «Олимпи-2».
В 2007 году «Олимпи» Рустави выиграл чемпионат Грузии[3] — в первом же своём сезоне в Высшей лиге. Победа в чемпионате дала право участвовать в первом квалификационном раунде Лиги чемпионов, где клуб уступил казахстанской «Астане» (0:0, 0:3).
По окончании сезона-2010/11, в котором было занято 3-е место, клуб стал называться «Металлург», как и представитель Рустави во Второй лиге чемпионата СССР. Под этим названием принимал участие в квалификации Лиги Европы, где прошёл армянский «Бананц» (1:0, 1:1), казахстанский «Иртыш» (1:1, 2:0) и уступил французскому «Ренну» (2:5, 0:2).
В следующем году «Металлург» стал вице-чемпионом страны, а в Лиге Европы, разгромив в первом отборочном раунде албанскую «Теуту» (3:0, 6:1), уступил на следующей стадии чешской «Виктории Пльзень» (1:3, 0:2).
В 2013 и 2014 годах команда занимала 7-е и 5-е места в чемпионате Грузии, а в сезоне-2014/15 у команды возникли материальные проблемы из-за отказа являвшегося главным спонсором Руставского металлургического завода финансировать клуб, из-за чего он вылетел из Высшей лиги и в 2017 году был признан банкротом. Город Рустави во второй по уровню лиге с сезона 2015/16 стал представлять новый клуб, созданный в июле 2015 года[5].