Магальон является воспитанником клуба «Гвадалахара» и до 2005 года выступал за его резервную команду «Тапатио». В основной команде «Гвадалахары» Мегальон дебютировал 13 марта 2005 года, в матче против клуба «Америка», на сегодняшний момент он провёл за «Гвадалахару» 154 матча, в которых забил 3 мяча.
Международная карьера
В составе национальной команды Джонни Магальон дебютировал 28 февраля 2007 года в матче со сборной Венесуэлы, к настоящему времени он сыграл в 50 матчах за сборную, в которых забил 3 гола. Магальон включён в заявку сборной Мексики на Чемпионат мира 2010
