Кубрякова — автор многочисленных трудов, хорошо известных широкому кругу специалистов в России и за рубежом. Её фундаментальные исследования заложили основы многих крупных направлений лингвистической мысли: теории языковой номинации, деривационной ономасиологии, теории частей речи, изучения языковой картина мира, языковой категоризации. Являлась одним из ведущих специалистов в когнитивной лингвистике, и с её именем связано возникновение в российском языкознании когнитивно-дискурсивного направления.
Опубликовала свыше 360 научных трудов. Автор монографий «Что такое словообразование» (1965), «Основы морфологического анализа» (1974), «Части речи в ономасиологическом освещении» (1978), «Типы языковых значений. Семантика производного слова» (1980), «Морфонология в описании языков» (1983), «Номинативный аспект речевой деятельности» (1986), «Части речи с когнитивной точки зрения» (1997), «Язык и знание» (2004), «Теория номинации и словообразование» (2010). Созданный ею совместно с В. З. Демьянковым, Ю. Г. Панкрацем, Л. Г. Лузиной «Краткий словарь когнитивных терминов» (1996), а также другие работы Е. С. Кубряковой, способствовали становлению когнитивной лингвистики как отдельного направления в российском языкознании[4][5][6][7][8][9].
Е. С. Кубрякова занимает первое место в рейтинге цитируемости российских учёных в области языкознания[10].
Кубрякова создатель собственной научной школы — «Кубряковского братства», объединяющее более 20 докторов и 40 кандидатов филологических наук[11].
Научные интересы Е. С. Кубряковой и её школы: общетеоретические вопросы лингвистики, грамматика германских языков, типология близкородственных языков, семантика и морфология производного слова, развитие детской речи, языковая категоризация и концептуализация, типы дискурсивной деятельности.
↑Язык и знание: На пути получения знаний о языке: Части речи с когнитивной точки зрения. Роль языка в познании мира / РАН ИЯ. — М.: Языки славянской культуры, 2004.
↑Основы морфологического анализа. На материале германских языков. Монография. Изд. 2-е. — М.: Изд-во ЛКИ, 2008.
↑Части речи в ономасиологическом освещении. Монография. Изд. 2-е. — М.: Изд-во ЛКИ, 2008.