В 1926 году согласно административно-территориальному делению Азербайджанской ССР село относилось к дайре Агдам Агдамского уезда.
После реформы административного деления и упразднения уездов в 1929 году был образован Боятский сельсовет в Агджабединском районе Азербайджанской ССР.
Согласно административному делению 1961 и 1977 года село Караханлы входило в Боятский сельсовет Агджабединского района Азербайджанской ССР[3][4].
5 октября 1999 года село Караханлы передано из Боятского административно-территориального округа в составь вновь образованного Гаджиларского.
В 1999 году в Азербайджане была проведена административная реформа и внутри Гаджиларского административно-территориального округа был учрежден Караханлинский муниципалитет Агджабединского района[5].
1 сентября 2004 года из состава Гаджиларского административно-территориального округа выделен новый, Караханлинский.
География
Село находится в 34 км от райцентра Агджабеди и в 315 км от Баку. Ближайшая железнодорожная станция — Агдам (действующая — Халадж).
Село находится на высоте 136 метров над уровнем моря.