В 1926 году согласно административно-территориальному делению Азербайджанской ССР село относилось к дайре Агджабеды Агдамского уезда.
После реформы административного деления и упразднения уездов в 1929 году был образован Кягризлинский сельсовет в Агджабединском районе Азербайджанской ССР.
Согласно административному делению 1961 и 1977 года село Шарафханлы входило в Кягризлинский сельсовет Агджабединского района Азербайджанской ССР[2][3].
В 1999 году в Азербайджане была проведена административная реформа и внутри Кягризлинского административно-территориального округа был учрежден Шарафханлинский муниципалитет Агджабединского района[4].
8 февраля 2000 года из Кягризлинского административно-территориального округа выделен новый, Шарафханлинский.