Родился 9 (21) февраля1810 года в селе Ломовка Пензенской губернии. По другой версии в Ревеле (Эстляндия); в некоторых источниках указаны другие годы рождения (1807, 1809, 1811). Происхождение имел дворянское. Его детство прошло в Эстляндии, где его отец, коллежский секретарь Иван Андреевич Истомин[3], служил секретарём в Эстляндской казённой палате. При крещении получил имя Владислав, под этим именем он упоминается во всех официальных документах до 1830 года.
В 1827 — 1832 годах Истомин проходил службу на том же корабле, совершая плавание в Средиземном море и совершенствуя своё морское образование в серьёзной военной обстановке, созданной продолжительными крейсерствами в Архипелаге и участием в блокаде Дарданелл и высадке на Босфоре.
В 1837 году был произведён в лейтенанты и назначен командиром парохода «Северная звезда», на котором в том же году совершили плавание по портам Чёрного моря император Николай I и императрица Александра Фёдоровна. За отличное управление этим пароходом Истомин был награждён орденом Святого Владимира 4-й степени и бриллиантовым перстнем.
С 1845 года по 1850 год находился в распоряжении наместника на Кавказе князя М. С. Воронцова, принимая деятельное участие в совместных операциях армии и флота, направленных к покорению Кавказа.
В 1846 году Истомин был награждён орденом Святой Анны 2-й степени, а в 1847 году за действия против горцев его произвели в капитаны 2-го ранга.
В 1849 году Истомин был произведён в капитаны 1-го ранга, а в 1850 году его назначили командиром линейного корабля «Париж».
В 1852 году Истомин был награждён орденом Святого Владимира 3-й степени, а в 1853 году он стал командиром 35-го флотского экипажа.
В событиях Крымской войны
18 (30) ноября1853 года Истомин, командуя кораблём «Париж», отличился в Синопской битве. Нахимов отдал приказ поднять на своём адмиральском корабле сигнал «благодарности» ему, но все фалы были перебиты, так что исполнить приказание не было возможности. За это сражение Истомин был произведён в контр-адмиралы. В донесении императору адмирал П. С. Нахимов особенно отмечал действия линейного корабля «Париж» в Синопском бою:
«Нельзя было довольно налюбоваться прекрасными и хладнокровно рассчитанными действиями корабля „Париж“»
.
В 1854 году, когда началась осада Севастополя, Истомин был назначен начальником 4-й дистанции оборонительной линии, в которую входил Малахов курган. За храбрость и распорядительность его наградили 20 ноября 1854 года орденом Святого Георгия 3-й степени. Он был одним из деятельнейших и храбрейших организаторов и участников этой изумительной обороны. После смерти Корнилова Истомин буквально ни на один день не покидал своих позиций. Он и жил в оборонительной башне Малахова кургана.
Из-за разрушения склепа в 1930-е годы потребовалось перезахоронение останков, которое состоялось в 1992 году[4].
Владимир Истомин имел четырёх братьев, и все они служили во флоте; Константин и Павел дослужились до адмиральских чинов. Александр Истомин (1814 г.) погиб во время шторма на кронштадтском рейде в 1832 году, будучи кадетом Морского кадетского корпуса. Андрей Истомин (1807 г.) погиб в 1842 году при крушении корабля «Ингерманланд».
Журнал военных действий в Крыму, сентябрь-декабрь 1854 года / сост. А. В. Ефимов. — Симферополь: АнтиквА, 2010. — 192 с. — (Архив Крымской войны 1853—1856). — 500 экз.