Весной 1918 года организовал в Корнеевке отряд для подавления антибольшевистского восстания, затем в селе Семёновка впервые встретился с Чапаевым. Вскоре стал командиром эскадрона у Чапаева, осенью назначен начальником связи 1-й бригады чапаевской дивизии. Затем вместе с Чапаевым перешел во 2-ю Николаевскую дивизию, где был командиром батальона связи, помощником начальника связи.
После возвращения Чапаева из Москвы в феврале 1919 года — ординарец начдива.
За поимку белого шпиона с ценными сведениями награждён именным браунингом с надписью «Петру Исаеву за отвагу от уральских чекистов».
Версии гибели
Существует несколько версий обстоятельств его смерти.
Согласно версии, изложенной в романе Фурманова «Чапаев» и затем отраженной в одноимённом фильме, после того как раненого Чапаева начали переправлять через реку, Петька остался на берегу, отстреливался до последнего патрона, а последнюю пулю пустил в себя; казаки изуродовали его тело.
По словам его внука, в том бою был смертельно ранен и вместе с Чапаевым похоронен в безымянной могиле[2].
По другим данным, Исаева в тот день рядом с командиром не было (он выполнял другое задание), и он застрелился после гибели Чапаева, не вынеся тяжести потери близкого друга[3].
Есть версия, что он покончил с собой через месяц после боя, не найдя тела погибшего командира[4], или через год, на поминках по Чапаеву[5], или умер от ран у себя дома через две недели после выхода из госпиталя.[6]
Версия, будто он застрелился 5 сентября 1920 г. после попойки, которую устроили чапаевцы в Лбищенске на годовщину гибели Чапаева, неправдоподобна, так как в это время Чапаевская дивизия воевала на польском фронте. Известна его могила на кладбище в селе Кундравы Чебаркульского района Челябинской области, на которой силами сельчан был поставлен мраморный обелиск.[7]
