В 1922—1923 годы возглавлял Алатырскую автокефалию, не признававшую власть обновленческого ВЦУ. Затем центр автокефалии переместился в Промзино (ныне Сурское)[источник не указан 3099 дней].
С 1923 года находился в Соловецком Лагере Особого Назначения. В июле 1926 года принимал участие в составлении «Соловецкого послания» (обращения к правительству СССР православных епископов из Соловецкого лагеря).
После освобождения в сентябре 1926 года вернулся на свою кафедру.
В марте 1927 года в Карсуне был проведён епархиальный съезд, на котором решался вопрос о каноническом подчинении епархии и выборе епархиального архиерея. Большинство, несмотря категорические возражения епископа Иоакима, было за григорианского епископа Виссариона (Зорина), который и был избран епархиальным архиереем. Большая часть приходов епархии переходит в юрисдикцию григорианского ВВЦС.
Однако Иоаким не сдаётся и начинает активную борьбу с григорианством. Всё больше и больше приходов переходят к епископу Иоакиму из ведения архиепископа Виссариона.
C октября 1927 года — архиепископ Ульяновский (Симбирский).
В январе 1928 года получает регистрацию и прибывает в Ульяновск.