Река берёт исток на высоте 717 м над уровнем моря, в 8 км на восток от окраины города Пасу-Фунду, примерно в 1 км от истока реки Пасу-Фунду. Жакуи полностью расположена на территории штата Риу-Гранди-ду-Сул. В верховье течет, в основном в южном направлении, после впадения правого притока Сатурну поворачивает на юго-восток, а после города Кажоейра-ду-Сул поворачивает на восток и течет до города Порту-Алегри, где впадает в залив Гуаиба, который является заливом большого озера-лагуны Патус, что узким проливом, в своей южной части, соединено с Атлантическим океаном. В верховьях реки течение бурное и с многочисленными порогами. Здесь же, выше городов Тиу-Угу и Салту-ду-Жакуй построены две плотины ГЭС, причём водохранилище нижней — является одним из крупнейших искусственных водоемов штата Риу-Гранди-ду-Сул. Судоходна на участке от устья до города Кашуэйра-ду-Сул.
Длина реки 800 км. Площадь водосборного бассейна 73 000 км². Средний уклон русла реки от истока до устья — 0,9 м/км, перепад высот — 717 м. Среднегодовой расход воды в устье — 1900 м³/с.
