Джамгон родился второго декабря 1813 года в Ронгьябе , близ Пэма Лхаце, что в области Дрида Салмоганг в Восточном Тибете. Приемным отцом Конгтрула был Сонам Пел (bSod-nams 'Phel), тантрист-мирянин из традиции бон, а матерью — Траши Цо (bКга-shis 'Tso). В автобиографии Конгтрул сообщает, что его родным отцом был Юнгдрунг Тэндзин (gYung-drung bsTan-'dzin), знаменитый лама из рода Кхьюнгпо (что по-тибетски значит Гаруда), который был на грани угасания. Брак матери Конгтрула с Юнгдрунг Тэндзином должен был обеспечить продолжение этого драгоценного рода. Конгтрул подробно описывает историю божественного происхождения родоначальников семьи Кхьюнгпо, из которой вышли самые выдающие личности как буддийской, так и бонской традиции: буддисты — Миларепа, Кхьюнгпо Налчжор, первый КармапаДюсум Кхьенпа; и бонпо — тертонЛодэн Ньингпо и Траши Гьялцен.
Джамгон Конгтрул получил множество учений и наставлений от учителей всех школ тибетского буддизма.
Конгтрул был автором или составителем около девяноста томов, посвящённых разным темам. Его главным трудом традиционно считаются «Пять великих сокровищниц» (mDzod chen lnga) — это название дал им Джамьянг Кенце Вангпо.
«Всеобъемлющее знание»
«Сокровищница Мантры школы кагью» (ЬКа' brgyud sngags mdzod) содержит практики мандалы тринадцати тантрийских божеств, а также древние и новые тантры (некоторые из них передал Марпа-переводчик), сопровождаемые учениями по тантрийской стадии завершения, ритуалы посвящения и различные лунги. Это произведение состоит из шести томов.
«Сокровищница драгоценных учений-кладов» (Rin chen gter mdzod) содержит посвящения, учения, ритуалы и наставления о том, как применять их в затворе, по всем циклам терма, обнаруженных Конгтрулом. Этот сборник начинается с «кладов земли» таких тертонов, как Ньянграл Ньима Осер, Гуру Чокьи Вангчуг (Gu-ru Chos-kyi dBang-phyug), Лонгченпа, Ригдзин Годем, Тангтонг Гьялпо (Thang-stong rGyal-po) (1385—1509); различных лингпа (gling-pa), в том числе Ринчена Лигпы (Rin-chen) (1340—1396), Дордже Лингпы (rDo-rje) (1346-1405), Карма Лигпы (Karma), Падма Лингпы (Pad-ma) (1450—?), Лэтро Лингпы (Las-'phro) (1585—1656) и Чоклинга, а также бонских открывателей кладов. Вторую часть этого сочинения составляют циклы учения из «кладов ума» и «чистых видений» таких тертонов, как Пятый Далай-лама, Дордже Тогме Цал (rDo-rje Thogs-med rTsal) (1617—1682), Намчо Мигьюр Дордже (gNam-chos Mi-'gyur rDo-rje) (семнадцатый век) и Джигме Лингпа ('Jig-med Gling-pa). Последняя часть сочинения содержит те учения-терма, которые стали передавать очень редко; в неё входит сборник текстов по малым терма с комментариями. Это произведение насчитывает шестьдесят томов.
«Сокровищница ключевых наставлений» (gDams ngag mdzod) содержит посвящения и наставления, связанные с восемью тибетскими линиями передачи практики: ньингма, кадам, сакья, Марпа-Кагью, Шангпа-Кагью, умиротворение [страдания] (шичжед: zhi byed), йога нерушимого состояния (rDo-rje rnal-'byor), три нерушимых состояния приближения и свершения (rDo-rje gsum-gi-bsnyen-sgrub) — и девятый раздел, посвященный разным учениям других линий передач. Это сочинение состоит из двенадцати томов.
«Особая тайная сокровищница наставлений» (Thun mong min gsang mdzod), для которой Джамьянг Кхьенце написал пятнадцать вступительных очерков, заключает в себе «Единство умов Трех Корней» и другие учения, восходящие к жёлтым свиткам (содержащим учения-терма), и клады ума, открытые самим Конгтрулом. Этот труд состоит из семи томов.
Кроме того, Конгтрул писал о ритуалах, записывал наставления для учеников, сочинял философские труды, рассматривал вопросы индийской и китайской астрологии, медицины, грамматики и др.
Если обозреть огромное литературное наследие Конгтрула, может сложиться впечатление, что большую часть жизни ему приходилось заниматься литературным трудом. На самом же деле почти всё своё время он посвящал личным затворам и различным практикам и, по его словам, часто писал «в перерывах между занятиями медитацией».
Конгтрул умер на восемьдесят седьмом году, в четверг, 28 декабря 1899 года, и в это время проявилось много благоприятных знаков.
