Клуб основан в 2002 году, в 2007 впервые вышел в Примеру, в которой выступал до 2018 года. В 2008 году клуб добился своего наивысшего достижения победив в Кубке Венесуэлы, этот успех позволил ему принять участие на следующий год в Кубке Либертадорес. В главном турнире Южной Америки «Депортиво Ансоатеги» выступил неудачно вылетев в предварительном раунде, где проиграл эквадорскому «Депортиво Куэнка», после этого поражения «Депортиво Ансоатеги» перешло в Южноамериканский кубок, но там он так же проиграл в первом раунде перуанскому «Альянса Атлетико». Всего в Кубке Либертадорес участвовал три раза, а в ЮАК — семь раз.
В 2012 году «Депортиво Ансоатеги» во второй раз стал обладателем кубка страны.
В 2018 году занял предпоследнее место в Примере Венесуэлы, и должен был вылететь во Второй дивизион. Однако лигу расширили до 20 команд, поэтому «Депортиво Ансоатеги» остался в элите. Но и по итогам сезона 2019 команда финишировала на последнем месте, на этот раз лишившись места в Примере, и была расформирована.
