Й. Гиртль родился в Айзенштадте в 1810 году, административно входившем тогда в венгерскую часть Австрийской империи, в небогатой семье музыканта (его отец играл на гобое в придворной княжеской капелле Эстергази). Начал изучать медицину в Вене в 1831 году. Отличался среди студентов своими способностями, и уже в 1833 году становится прозектором, ассистентом профессора Йозефа Юлиуса Чермака. Читал студентам-физиологам курс лекций по практической анатомии. В 1837 году Гиртль становится профессором Карлова университета в Праге. Здесь он занимается научной работой, пишет несколько трудов. В 1845 учёный возвращается в Венский университет. Здесь ему ассистирует ставший впоследствии весьма известным чех Йиндржих Ванкель.
В 1850 году Гиртль оканчивает свой «Словарь топографической анатомии», ставший повсеместно одним из важнейших учебников для медицинских училищ. В 1850 также он создаёт в Вене Музей сравнительной анатомии, а также реконструирует основанный в 1745 году Герардом ван Свитеном Музей человеческой анатомии.
В 1864 году, к 500-летию Венского университета, Й. Гиртль назначается его ректором, как один из самых заслуженных профессоров. В 1874 году, в связи с ослаблением зрения, учёный оставляет преподавательскую деятельность, и уезжает с женой в Перхтольдсдорф, где у Гиртлей был свой дом, и там продолжает научную деятельность. 17 июля 1894 года Й. Гиртль был найден мёртвым в своей постели.
В 1886—1889 годах, в основном на средства Гиртля, в Мёдлинге (Нижняя Австрия) был построен Дом сирот, получивший имя Й. Гиртля (нем.Hyrtl’sches Waisenhaus[нем.]). Строительство инициировал друг врача Йозеф Шёффель, бывший ранее бургомистром города.
После смерти учёного по его завещанию значительные суммы были переданы на благотворительные цели — для поддержания сирот и инвалидов.
Брат Й. Гиртля, Якоб Гиртль (1799—1868), был известным венским гравёром. В его владении находился череп Моцарта, который он завещал своему брату-анатому. Й. Гиртль исследовал череп, а затем передал его по завещанию в Моцартеум, в Зальцбурге.
Труды
Lehrbuch der Anatomie des Menschen (Prag, 1846)
Учебник описательной анатомии / Handbuch der topographischen Anatomie (Wien, 1853)
Der Anatom Josef Hyrtl, 1810−1894. (Festschrift, Mödling, 1991)
Glaser, H.: Hyrtl (In: Ders., Wiens große Ärzte. Wien 1950, S. 71−82)
Dokumente zur Geschichte der Berliner Akademie der Wissenschaften von 1700 bis 1990 (= Berliner Studien zur Wissenschaftsgeschichte, Band 1) — Werner Hartkopf / Gert Wangermann, Berlin 1991, ISBN 3-86025-008-6
Gasser/Mitterwenger/Karanitsch: Der Anatom Joseph Hyrtl 1810—1894, Perchtoldsdorf 1991.