В Египте преобладают пустыни (около 96 % территории страны), 4 % приходится на дельту и долину реки Нил. Бо́льшая часть страны лежит в поясе пустынь, которые простираются от Атлантического побережья Африки через весь континент до Передней Азии.
Культивируемая площадь составляет всего 35 000 км² — 3,5 % от общей территории.
По территории Египта с юга на север протекает одна из двух величайших по протяжённости рек в мире (6853 км) — Нил.
Несмотря на то, что дельта и долина Нила занимают лишь 5,5 % от общей территории Египта, это наиболее важный регион, где обрабатываются сельскохозяйственные угодья и проживает около 99 % населения.
Имеются оазисы и вади — сухие русла рек и эрозионных речных долин в пустынях, вре́менных или периодических водных потоков, заполняемых, главным образом только после сильных ливней.
Египту принадлежит один из самых крупных искусственно сооружённых каналов — Суэцкий канал, который соединяет Средиземное и Красное моря, открывая тем самым короткий путь из Атлантического в Индийский океан.
Плато Ливийской и Аравийской пустынь разделены долиной Нила.
Рельеф страны в основном равнинный. Невысокие горы (менее 2000 м над у.м.); средневысотная горная цепь Этбай (до 1000 м над у.м.) протянулась вдоль всего побережья Красного моря (высочайшие вершины Шаиб-эль-Банат — 2187 м и Хамата — 1977 м). . Высоты:
Египет поделен на 27 губернаторств (провинций, мухафаз), в том числе четыре города-губернаторства: Александрия, Каир, Порт-Саид и Суэц.
Девять губернаторств находятся в Нижнем Египте в дельте Нила, восемь губернаторств в Верхнем Египте вдоль долины Нила, четыре — на линии Каир — Асуан и пять пограничных губернаторств на Синае и в пустынных регионах к востоку и западу от Нила.