С осени 1939 годастарший лейтенант Алексей Ватагин командовал ротой 355-го стрелкового полка 100-й стрелковой дивизии7-й армии Северо-Западного фронта. Отличился во время советско-финляндской войны. В ночь с 11 на 12 января1940 года разведгруппа Ватагина (25 бойцов с приданными им 12 сапёрами и 8 связистами) в районе населённого пункта Турта обнаружила хорошо замаскированный финский дот и, тщательно подготовившись, на следующую ночь подорвала его.[3] В той же вылазке группа захватила офицера финской армии, который дал сведения о вражеской обороне. Действия группы Ватагина способствовали успешному выполнению боевой задачи всем полком[2].
5 апреля 1944 года был ранен, лечился в госпитале № 1865.
К концу войны гвардии майор Ватагин был заместителем командира по строевой части 238-го гвардейского стрелкового полка 81-й гвардейской стрелковой дивизии. 29 апреля 1945 года войска 238-го гвардейского стрелкового полка ворвались в город Вишков района Вишау области Брюнн земли МоравияПротектората Богемии и Моравии, ныне город — административный центр муниципалитета с расширенными полномочиями Вишков (чеш.Správní obvod obce s rozšířenou působností Vyškov) района ВишковЮжно-Моравского краяЧешской Республики. Противник подготовил город к стойкой круговой обороне. Во второй половине суток 29 апреля советские войска выбили противника из центральной части города и завязали бой на северной и северо-западной окраинах города. 30 апреля1945 года Алексей Михайлович Ватагин погиб в бою за город Вишков. К 17:00 30 апреля 1945 года Вишков был полностью взят силами 235-го и 238-го гвардейских стрелковых полков 81-й гвардейской стрелковой дивизии.
Навечно зачислен в списки своей воинской части. Многие годы Катайский военный комиссариат направлял в эту часть лучших призывников для прохождения воинской службы.
В городе Катайске названа улица в его честь[2]. Расположена в западной части города, параллельно реке Катайке.
9 мая 1974 года в г. Катайске состоялось открытие бюста Героя Советского Союза А. М. Ватагина. Скульптурный портрет выполнен О. Гудковым[8].
Весной 2011 года, накануне Дня Победы, в городе Катайске на территории мемориального комплекса, возведенного в память земляков-участников гражданской и Великой Отечественной войн, установлен бюст Героя Советского Союза А. М. Ватагина — 56°17′09″ с. ш. 62°34′39″ в. д.HGЯO
Мемориальная доска, открыта 11 июня 2019 года в Муниципальном казенном общеобразовательном учреждении «Шутинская основная общеобразовательная школа»[9].
Семья
Отец — Михаил Егорович Ватагин, мать — Анна Наумовна.
Жена — Ватагина Антонина Ивановна. Дочери — Валентина и Тамара.
↑Цымбал А. Н. Элементы государственной наградной политики по опыту советско-финляндской войны 1939—1940 гг. // Военно-исторический журнал. — 2011. — № 4.
Герои Советского Союза: Краткий биографический словарь / Пред. ред. коллегии И. Н. Шкадов. — М.: Воениздат, 1987. — Т. 1 /Абаев — Любичев/. — 911 с. — 100 000 экз. — ISBN отс., Рег. № в РКП 87-95382.
Косенко А. Трое отважных // Бои в Финляндии: Воспоминания участников. Ч. 1. — 2-е изд. — М.: Воениздат, 1941. — С. 272—276.
Золотое созвездие Зауралья. Кн. 1. Курган. Парус-М. 2000.
Золотые Звёзды курганцев. Челябинск, 1975.
Краснознамённый Закавказский / под ред. А. Оверчука, К. Демирчяна, О. Кулишева. — 2. — Тбилиси: Сабчота Сакартвело, 1981. — 400 с. — 25 000 экз.