С 1583 по 1590 год был пастором в Бадеборне; оставил место, поскольку его взгляды на таинства не совпадали с господствовавшей кальвинистской доктриной. В 1590—1599 годы жил в Кведлинбурге, а затем стал пастором церкви Св. Мартина в Брауншвейге. В 1605 году он опубликовал первую часть труда «Об истинном христианстве» (Vom wahren Christentum), навлекшую на него обвинение в ереси. В 1608 году он был приглашен в Айслебен, где вышли остальные четыре части его книги (1609), а в 1611 году — в Целле, на должность придворного проповедника.
Знамениты произведения Арндта: «Об истинном христианстве»[6] и книга молитв «Сад Эдема» (Paradiesgärtlein). Эти книги были изданы на всех европейских языках, они отличаются ясным народным, поэтическим языком. В идее истинного христианства, по Арндту, сливаются вера и жизнь, оправдание и освящение. В живом единстве она сочетает протестантскую ортодоксию с мистицизмом. Эта концепция оказалась в центре теологических споров его времени. Остальные его произведения менее известны.
Как отмечают: "Послание Арндта об активной вере оказало большое влияние на развитие пиетистского движения. Не в последнюю очередь это связано с тем, что «Истинное христианство» оставалось бестселлером на протяжении 1800-х годов! Немцы, датчане, норвежцы и шведы из крестьянского сословия в те века часто имели очень мало книг, но книга Арндта была основной во многих домах. Для ковенантеров примечательно, что Пауль Петер Вальденстрем (Paul Petter Waldenström[англ.]) упоминал об истинном христианстве как о том, что оно сыграло важную роль в его собственном обращении"[7].
↑Собирался стать медиком, но тяжело заболев, дал обет в случае исцеления заняться изучением Священного Писания, что и определило направление последующего обучения.
…начать сначала святую Библию читать, с разсуждением разных Божиих дел, которые она тебе представит; и всегда, поутру и нощию, в ней поучаться, и Арндта прочитывать…
— Хондзинский П., свящ. Святитель Филарет Московский: богословский синтез эпохи. — М.: ПСТГУ, 2010. — С. 58. — 304 с. — 500 экз. — ISBN 978-5-7429-0560-8.
Райхельт, Штефан [Reichelt, Stefan], Иоанна Арндта Четыре книги о истинном христианстве в России [Johann Arndts Vier Bücher von wahrem Christentum in Russland]. Лейпциг [Leipzig], 2011. ИСБН: 978-3-374-02863-4
Христианство. Энциклопедический словарь, тт. 1-3. М., 1993—1995