El a fost o personalitate academică și culturală proeminentă, distinsă prin modul exemplar în care și-a asumat condiția de dascăl și de intelectual. Deschizător de drum în domenii ca: istoria ideilor, iluminismul românesc, istoria istoriografiei și istoria bisericii, Pompiliu Teodor a excelat și prin proiectele sale instituționale puse în serviciul modernizării Universității Babeș-Bolyai.
A fost cercetător la Biblioteca Academiei - filiala Cluj (1955-1963), cercetător la Institutul de Istorie din Cluj (1963-1966), "visiting professor" la Universitatea Illinois (SUA).[3]
A cercetat mai ales perioada iluminismului, contribuind la reconstituirea curentelor de idei din secolele XVIII-XIX.[3]
Una dintre preocupările constante ale lui Teodor a fost aceea a editării unor lucrări fundamentale ale înaintașilor: Gheorghe Șincai "Învățătură firească spre surparea superstițiilor norodului" (1964), Samuil Micu "Scrieri filosofice" (1966).[3]
După 1989, a fondat Catedra de Istorie Medievală și Istoriografie, Institutul de Istorie Central-Europeană, Institutul de Studii Iudaice și revista “Colloquia”, a relansat specializarea Istoria artei, iar la Academia Română (al cărei membru corespondent a fost din 1990) a pus bazele Comisiei Istorice Mixte Româno-Slovace.
