Încă din copilărie a manifestat aptitudini deosebite pentru știință. Și-a construit un mic telescop pentru observații astronomice și a avut rezultate bune la matematică.
În 1964 a intrat la IBM și a făcut parte dintr-o echipă de cercetare pentru crearea arhitecturii supercomputerelor. Deoarece tulburările de identitate de gen, de care suferea încă din tinerețe, devin tot mai evidente, în 1968 Lynn Conway este nevoită să se concedieze pentru a se pregăti de o operație de schimbare de sex și se adresează mediculuiHarry Benjamin, specialist în domeniul transsexualității.
Urmând un tratament cu hormoni, suferă o tranziție de sex și devine bărbat. Se căsătorește cu o femeie și au împreună doi copii.
În perioada 1969 - 1972 lucrează la Memorex, o firmă specializată în CD-uri, DVD-uri și alte accesorii informatice.
În 1973 intră la Xerox PARC cu specializarea în care se consacrase și anume arhitectura circuitelor integrate.