Saviola este unul dintre jucătorii care au evoluat atât la Barça cât și la Real, deținând naționalitatea spaniolă. De asemenea, a fost numit cel mai tânăr jucător din FIFA 100 de către Pelé.
La doar 19 ani și-a făcut debutul în străinătate la FC Barcelona, transferându-se pentru o sumă de aproximativ 15 milioane de euro. Sub conducerea lui Carles Rexach a marcat 17 goluri în primul său sezon, reușind să ajungă al patrulea golgheter al ligii.
Al doilea său sezon a început prost: în prima parte sub conducerea olandezuluiLouis van Gaal a marcat doar 2 goluri. După schimbarea sa cu Radomir Antić, Saviola a marcat 11 goluri în a doua parte a campionatului. La începutul noului sezon Frank Rijkaard a trecut la conducere iar Saviola a marcat 14 goluri în acel sezon, totuși, fiind rezerva lui Patrick Kluivert.
În următoarele sezoane a fost împrumutat în Franța la AS Monaco și la Sevilla, unde a reușit să câștige Cupa UEFA și să devină al cincilea golgheter al ligii, cu 9 goluri, unde a fost adus pentru a-l înlocui pe Júlio Baptista, plecat la Real Madrid.
A revenit în sezonul 2006-2007 la Barça unde a marcat 5 goluri în campionat, după 18 apariții, iar în Copa del Rey tot atâtea goluri în tot atâtea apariții, beneficiind de accidentările colegilor săi, în special cea a lui Samuel Eto'o.
Real Madrid
După ce contractul său cu FC Barcelona a luat sfârșit, Saviola s-a mutat la rivala din Madrid, Real. Aici a jucat mai mult rezervă în campionat și în Liga Campionilor, fiind folosit titular doar în cupă. După venirea lui Klaas-Jan Huntelaar, Saviola a decis să părăsească formația din capitala Spaniei.
Benfica Lisabona
Saviola s-a mutat la SL Benfica pentru 5 milioane de euro, făcându-și debutul pe 16 iulie2009 într-un amical împotriva Sionului. De-a lungul carierei în Portugalia a câștigat titlul de jucătorul lunii și titlul.
Málaga
În ultimele ore ale perioadei de transferuri din sezonul 2012-2013, Saviola a decis să se mute înapoi în Spania la Málaga CF. Pe 1 septembrie2012 și-a făcut prima apariție după 3 ani în Spania contra Zaragozei, jucând 45 de minute în victoria clubului său cu 1-0.