În 1605 se reîntoarce și, în perioada marii epidemii de pestă, activează ca medic în Amsterdam.[22]
În anul următor se stabilește la moșia natală, Vilvoorde ca medic. Aici va petrece tot restul vieții, ocupându-se și cu celebrele sale experiențe și cercetări în domeniul chimiei și medicinei.
În ceea ce privește digestia, van Helmont observă că transformarea alimentelor are loc nu datorită căldurii, ci prezenței unor substanțe chimice, "fermenți", prefigurând astfel conceptul modern referitor la enzime.[23]
Chimie și alchimie
Van Helmont era tributar ideilor alchimice ale epocii. De pildă, susținea că este posibilă transmutația în aur a mercurului, precum și obținerea pietrei filozofale. Cu toate acestea, devenit adept al metodei experimentale, începe să combată mai multe concepții și idei eronate ale înaintașilor.
Din cele patru elemente considerate ca primordiale, apă, aer, pământ, foc, exclude ultimele două.
Van Helmont combate teoria generației spontane, conform căreia viața ar fi apărut în mod spontan din materie anorganică, teorie susținută de Aristotel și continuatorii săi.
en Ferguson, John (1906). Johann Baptiste van Helmont, Bibliotheca Chemica: Catalogul lucrărilor din domeniile alchimiei, chimiei și farmacologiei, Glasgow: James Maclehose & Sons, p. 381.
enMoore, F. J. (1918). Istoria chimiei, New York: McGraw-Hill.
enThomson, Thomas (1830). The History of Chemistry ("Istoria chimiei"), London: Henry Colburn & Richard Bentley.