Iunie 1999 a fost a șasea lună a anului și a început într-o zi de marți.

• 11 iunie: Se încheie Războiul din Kosovo cu victoria NATO (1996-1999).
• 24 iunie: Chitara cu care Eric Clapton a înregistrat Layla, a fost vândută pentru 497.500 dolari.

• 5 iunie: Alejandro Davidovici Fokina, jucător spaniol de tenis
• 10 iunie: Blanche (Ellie Delvaux), cântăreață belgiană
• 11 iunie: Kai Havertz (Kai Lukas Havertz), fotbalist german
• 17 iunie: Elena Rîbakina, jucătoare kazahă de tenis
• 18 iunie: Trippie Redd (Michael Lamar White IV), rapper și cântăreț american
• 24 iunie: Andrei Cordea (Andrei Ioan Cordea), fotbalist român
• 24 iunie: Darwin Núñez, fotbalist uruguayan
• 25 iunie: Abdülkadir Ömür, fotbalist turc
• 27 iunie: Chandler Riggs (Chandler Carlton Riggs), actor american
• 28 iunie: Markéta Vondroušová, jucătoare cehă de tenis

• 2 iunie: Robert Sobel, 68 ani, istoric american (n. 1931)
• 4 iunie: Emeric Székely, inginer și profesor universitar român (n. 1922)
• 11 iunie: DeForest Kelley (Jackson DeForest Kelley), 79 ani, actor american (n. 1920)
• 15 iunie: Fernand Dupuy, politician francez (n. 1917)
• 17 iunie: Emilia Milicescu, 91 ani, poetă, prozatoare, istoric literar și publicistă română (n. 1908)
• 20 iunie: Iulian Mihu, 72 ani, regizor român de film (n. 1926)
• 23 iunie: Marius Butunoiu, 79 ani, sculptor român (n. 1919)
• 24 iunie: Pompiliu Gîlmeanu, regizor român de film documentar (n. 1932)
• 25 iunie: Frederick Christ Trump, 93 ani, dezvoltator imobiliar american de etnie germană, tatăl lui Donald Trump (n. 1905)
• 27 iunie: Siegfried Lowitz (n. Siegfried Wodolowitz), 84 ani, actor german (n. 1914)
• 28 iunie: Gheorghe Gheorghiev, 92 ani, matematician român (n. 1907)