Núñez a venit prin academia de tineret a lui Peñarol, fiind promovat la prima echipă în 2017. În august 2019, s-a alăturat echipei spaniole din Segunda División, Almería. Benfica l-a semnat în 2020 pe o sumă record pentru club în valoare de 24 de milioane de euro, cea mai scumpă achiziție din istoria fotbalului portughez.
După ce a reprezentat Uruguay la diferite niveluri de tineret, Núñez a fost convocat pentru prima dată cu echipa de seniori în octombrie 2019. A marcat la debutul său internațional împotriva Peruului.
A fost cumpărat de Liverpool în iunie 2022, de la Benfica Lisabona, în schimbul sumei de 75 de milioane de euro.
Goluri internaționale
Lista golurilor internaționale marcate de Darwin Núñez[3]
