Clubul a fost fondat în anul 1984 cu denumirea FC Zarea Bălți (în rusăФК Заря Бельцы), iar în 1991 a fost redenumit în FC Olimpia Bălți, pentru ca în iulie 2014 să revină la o variație a denumirii vechi transliterate - FC Zaria Bălți și din 2020 poartă actuală denumire.
Istorie
În 1984 s-a luat decizia ca RSS Moldovenească să poată alinia la startul celei de-a doua ligi a URSS trei echipe. Datorită acestei decizii Zarea Bălți a fost înființată în același an și a participat în liga a doua din URSS. Zarea Bălți a jucat în liga a doua din URSS până la destrămarea Uniunii Sovietice. Primul antrenor al echipei a fost Ivan Danilianț, care mai târziu a antrenat naționala Moldovei. În 1991, clubul și-a schimbat denumirea în Olimpia Bălți. FC Olimpia, alături de Zimbru, sunt singurele echipe care au jucat de la începutul formării Diviziei Naționale din Moldova până în prezent. Cea mai mare performanță a clubului a fost cucerirea medaliilor de bronz în sezoanele 1994–95 și 2009–10. În anul 2010 Olimpia a debutat în competițiile europene, participând în UEFA Europa League, cu antrenorul Nicolae Bunea pe bancă. La 1 martie 2012, Serghei Chiseliov, finanțatorul clubului, a anunțat că echipa se retrage din Divizia Națională în semn de protest față de conducerea Federației Moldovenești de Fotbal.[2][3] În acceași zi Primăria Municipiului Bălți a precizat că echipa va continua să evolueze în Divizia Națională și va disputa meciurile cu jucătorii de la echipa a doua, discipoli ai școlii bălțene de fotbal.[4][5][6]
La 7 martie 2013 Chiseliov a afirmat că nu mai are pretenții față de FMF și și-a cerut scuze de la Pavel Ciobanu. În același context, el a anunțat că renunță la intenția de a retrage echipa din campionat și va continua finanțarea ei.[7] În iulie 2014, noua conducere a clubului, în frunte cu directorul general Ivan Coroliuc, managerul Grigorii Donțul și directorul tehnic Veaceslav Rogac, a anunțat că clubul își schimbă denumirea în Zaria Bălți, din cauza că proprietarul anterior al clubului a oferit drepturi pentru brandul „Olimpia” doar până la 1 iunie 2014.[8][9] În primul sezon de la redenumire (2014/15) clubul s-a clasat pe locul 9 în campionat.[10]