Izetbegovici a fost și rămâne o figură controversată, atât în Bosnia, cât și în străinătate pentru rolul său în timpul războiului din Bosnia și pentru opiniile sale, caracterizate adeseori drept o teoretizare a fundamentalismului politic musulman.
S-a născut într-o familie aparținând elitei musulmane din Bosnia, aflate în declin, în orașul Bosanski Șamaț (Bosanski Šamac). În anul 1927, familia s-a mutat la Sarajevo, unde din 1954 Alija Izetbegovici a studiat dreptul.