Em 2008 foi comprado por 2,5 milhões euros pelo CFR Cluj, campeão romeno na época. Suas exibições despertaram a cobiça de vários clubes, entre eles o Benfica e Porto, ambos de Portugal.
Porto
A disputa pelo lateral foi vencida pelo Porto que em 4 de junho de 2009 adquiriu 80% dos direitos desportivos de Álvaro Pereira por 4,5 milhões de Euros.[2]
Internazionale
No dia 23 de agosto de 2012, foi confirmada sua contratação pela Internazionale, da Itália, por 10 milhões de euros, podendo aumentar para 15 milhões.[3]
São Paulo
Em 20 de janeiro de 2014, foi confirmado seu empréstimo ao São Paulo por 18 meses (ou seja, um ano e meio). clube desembolsou €1 milhão pelo uruguaio - se quiserem mantê-lo em definitivo em seu plantel, os brasileiros terão de pagar mais €7 milhões aos Nerazurri. O atleta foi, inclusive, elogiado por seu novo treinador, Muricy Ramalho.[4] Marcou seu primeiro gol numa bela cobrança de falta, no empate por 1-1 diante do São Bernardo.[5]
Estudiantes
Por conta de um problema pessoal enfrentado pela família da esposa do jogador, que é argentina, Álvaro decide retornar ao futebol de tal país. Em 22 de janeiro de 2015 ele recebe a liberação do São Paulo para jogar no Estudiantes. Houve compensação financeira para a liberação do jogador.[6]
Seleção Nacional
Estreou pela Seleção Uruguaia principal em 19 de novembro de 2008 em partida amistosa contra a França.
Em 2011, participou da Copa América e foi um dos principais jogadores da "celeste" marcando 2 gols: 1 contra Chile e outro contra o México. Na partida final, os uruguaios se sagraram campeões do torneio.
