Começou a sua carreira no futebol brasileiro pelo Vila Nova, onde começou a mostrar o seu talento, tendo feito 57 jogos e marcado três gols, conseguindo conquistar o Campeonato Goiano de 2005. O jogador já afirmou que o Tigre é o seu time de coração.[2]
Porto
Chegou ao Porto em junho de 2007,[3] sendo emprestado ao Estrela da Amadora para a temporada 2007–08. No Estrela da Amadora, as suas exibições convenceram bastante. Fernando atuou em 31 partidas e marcou um gol.
Após retornar ao Porto, foi conquistando espaço na equipe ao longo do tempo, tendo um papel importante em algumas conquistas dos "azuis e brancos". Ao lado de Nemanja Matić e João Moutinho, chegou a ser considerado um dos melhores volantes a atuar na Primeira Liga nas temporadas de 2012–13 e 2013–14.
Pelo time inglês, o brasileiro esteve presente na campanha vitoriosa do time na Copa da Liga Inglesa de 2015–16,[6] seu único título no time de Manchester. Seguiu suas duas primeiras temporadas jogando bastante, mas tendo que conviver com algumas lesões no decorrer dessas épocas.[7][8]
Em sua última temporada pelos Citizens, o sul-americano atuou em apenas 15 partidas pela Premier League de 2016–17, e optou por sair do clube assim que a temporada tivesse chegasse ao fim.[9]
Galatasaray
Após uma passagem sem muito destaque pelos Citizens, no dia 4 de agosto de 2017 transferiu-se para o Galatasaray, da Turquia.[9]
Em sua primeira temporada pelo clube turco, o brasileiro conseguiu marcar dois gols. O primeiro contra o Akhisarspor[10][11] e o segundo contra o Beşiktaş, ambos válidos pela Süper Lig.[12] Ainda que tivesse tido esses bons momentos, o jogador novamente passou por uma lesão (agora no joelho) que o deixou de fora de nove partidas na temporada.[8]
Na sua segunda, e última temporada pelo Galatasaray, o volante teve mais destaque, ainda que tivesse tido mais lesões do que na temporada anterior.[8] Seu principal jogo, aconteceu novamente contra o Beşiktaş. Na partida em questão, o jogador marcou um gol e deu uma assistência na vitória por 2 a 0 do time de Istambul.[13]
Ao final de sua passagem pela Turquia, o brasileiro conquistou três troféus: dois vezes campeão do Campeonato Turco (2017–18 e 2018–19) e uma vez campeão da Copa da Turquia na temporada 2018–19.[14] Após as boas atuações, ele chamou a atenção do Sevilla, que o convidou para jogar a La Liga na temporada seguinte.[15]
Sevilla
Em julho de 2019, o volante foi anunciado pelo clube da cidade de Sevilha. Fernando assinou contrato com o time espanhol por três temporadas.[15] A transferência foi algo em torno de 4,50 milhões de euros.[14]
Atuando pelo clube espanhol, o brasileiro conquistou duas vezes a Liga Europa da UEFA[16][17] e tornou-se uma das principais figuras do time da Espanha, ainda que tivesse tido momentos no time interrompido por lesão no ano de 2020[18] e 2022.[19]
Ainda em sua passagem pelo time espanhol, o jogador conquistou a marca de 100 jogos em 31 de outubro de 2021.[20] Com isso, teve o seu contrato renovado em janeiro de 2022, assinando um novo vínculo válido até o fim da temporada 2023–24.[21]
Todavia, antes mesmo da virada do ano para 2024, o jogador decidiu que rescindiria seu contrato com o clube espanhol para retornar ao Brasil.[22] Na mesma época, alguns clubes brasileiros sondaram o volante para o início da temporada seguinte.[23][24] Meses antes, em julho, Fernando já havia recebido uma proposta do Al-Ahli, da Arábia Saudita.[25]
Retorno ao Vila Nova
Aos 36 anos, teve a sua contratação anunciada pelo Vila Nova no dia 10 de janeiro de 2024, retornando ao clube que o revelou após 17 anos.[26] No entanto, após atuar em apenas seis partidas, Fernando deixou o clube em fevereiro.
Internacional
Foi anunciado como novo reforço do Internacional no dia 21 de fevereiro de 2024, assinando contrato até o fim de 2025.[27] Marcou seu primeiro gol pela equipe no dia 13 de abril, na vitória por 2 a 1 contra o Bahia, válida pela primeira rodada do Campeonato Brasileiro.[28]
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