O São Gonçalo Esporte Clube, fundado em 10 de novembro de 2010, estreou em 2012 como time profissional na antiga Série C (atual B2) do Campeonato Estadual do Rio de Janeiro.
O Clube reúne, no total, dois títulos pelo profissional e três nas categorias de base.
Em 2013, o profissional sagrou-se campeão da Série C e disputou a B em 2014[3]. No ano seguinte voltou à C e foi novamente campeão em 2016.[4] Desde 2017, mantém-se na B1.
Nas divisões de base, onde disputa o Carioca nas categorias Sub15, Sub17 e Sub20, o Mais Querido de São Gonçalo tem três títulos: na Série B2 do Sub20, em 2012; na série B1 do Sub15, em 2014; e, também na Série B1 do Sub17, em 2017.
Também disputa, regularmente, os torneios Octávio Pinto Guimarães – OPG e Guilherme Embry, com ótima colocação em 2019, ficando atrás somente das equipes tradicionais.
Em 2021, se prepara para disputar o Campeonato Carioca Série B1, com o profissional e, ainda, com as categorias Sub15, Sub17 e Sub20. Também treina para disputar a Guilherme Embry com o Sub16 e o Metropolitano nas categorias Sub12, Sub13 e Sub14.
No futsal, o São Gonçalo ganhou dois títulos, nas Séries Bronze e Prata. Está presente nas categorias de base da Série Ouro Especial, com o Sub8, Sub10 e Sub12 e na Série Prata, com o Sub9, Sub11 e Sub13. Na Série Bronze foi campeão em 2018, com o Sub11 e Sub13 e na Série Prata foi campeão em 2020, com o Sub13.
E, na campanha de 2021 disputa a Série Ouro, nas categorias Sub9, Sub11 e Sub13 e a Série Ouro Especial nas categorias Sub8, Sub10 e Sub12.
Em breve, o São Gonçalo montará seus times de futebol feminino no profissional e no futsal.
A principal rivalidade do clube é contra o São Gonçalo FC, com o clássico sendo chamado de Clássico dos Xarás.[5]
Em 2024, o clube foi campeão do Campeonato Carioca Série B1, equivalente a 3ª divisão do estadual, ao vencer o Pérolas Negras nos pênaltis, conquistando o 3º título na competição.[6]
