Wettstein estudou em Viena, onde foi discípulo de Anton Kerner von Marilaun (1831-1898) e casou com a sua filha Adele.[2] Durante o seu tempo na Universidade de Viena, fundou em 1882 a Associação de Ciências Naturais, dirigida por estudantes, com o seu amigo Karl Eggerth.[3]
Em 1901, tornou-se presidente da Sociedade Zoológico-Botânica de Viena (Zoologisch-Botanische Gesellschaft) e, no mesmo ano, participou numa expedição científica ao Brasil. Em 1919, foi nomeado vice-presidente da Academia Austríaca de Ciências (Academia de Ciências de Viena). Durante os seus últimos anos (1929-1930), viajou com o seu filho, Fritz von Wettstein, pela África Oriental e Austral.[5]