Seu pai era presbítero na Igreja Presbiteriana de Copacabana, igreja ao qual o cantor Janires mais tarde tornou-se membro.[2] Juntamente com vários músicos foi integrante da formação inicial do Rebanhão, a primeira banda de rock cristão notável do Brasil tocando baixo. A partir do álbum Luz do Mundo, Paulo Marotta tornou-se vocalista da banda, juntamente com Carlinhos Felix e Pedro Braconnot, fazendo parte do trio que compôs a "formação clássica" da banda.[3]
Também compositor, sua canção mais notável no Rebanhão foi "Muro de Pedra", também regravada por Carlinhos Felix em seu trabalho solo, Nada a Perder, gravada originalmente no álbum Princípio, o trabalho de maior repercussão do grupo.[4] Foi intérprete da canção "Viajar", uma das principais obras de Sérgio Pimenta.[5]
Por motivos pessoais,[6] Paulo Marotta saiu do Rebanhão em 1992, um ano após a saída de Fernando Augusto (Tutuca) e Carlinhos Felix. Desde então, pouco atuou na música. Em 2003 foi o representante do Rebanhão no álbum Tributo a Janires, produzido pelo Vencedores por Cristo, também cantando "Casinha".[7]
