Emprestado ao Guarani, durante o ano de 1995, acabou retornando ao Flamengo naquele mesmo ano.[1] Em 1997, novamente descartado dos planos da diretoria rubro-negra, jogou no Fluminense e depois no Atlético Paranaense, também por empréstimo.[1]
Após conquistar o título do Campeonato Paranaense, no primeiro semestre de 1998, Nélio voltou ao Flamengo, mas não conseguiu se reintegrar ao time.
Pelo Flamengo foram 346 jogos e 79 gols em dez anos, números destacados para um jogador de sua posição.
Em 2006, Nélio esteve no elenco do Guanabara[1], time da segunda divisão do futebol fluminense. A seguir, seguiu jogando em times modestos, como Pinheiros e Ypiranga.
Após um ano parado, Nélio foi contratado pelo Flamengo do Piauí em 2010, encerrando a carreira no mesmo ano, aos 39 anos.
Atualmente integra a equipe de showbol do Flamengo, onde atua com jogadores que fizeram história com a camisa do Flamengo, tais como Djalminha, Gélson Baresi, Marquinhos, Júnior Baiano e Piá.
Em 25 de agosto de 2017, é contratado pela Band para ser comentarista da edição carioca do esportivo Os Donos da Bola, cuja estreia foi no dia 28. No dia 04 de outubro de 2019, ele foi dispensado da emissora.
Título
Flamengo
Taça Governador Jader Ribeiro: 1988
Taça Associação dos Cronistas Esportivos de Sergipe: 1990
