Tomou posse no cargo de governador do Ceará, em 19 de março de 1812. Ficou conhecido tanto pelas iniciativas que impulsionaram o progresso da província, quanto pela fidelidade ao governo central português. Foi o primeiro administrador a incentivar as artes e as letras no Ceará; criou os Correios e a alfândega; construiu novos edifícios públicos, entre os quais o mercado municipal. No quesito servilismo, mandou que a população da vila de Fortaleza festejasse com luminárias, por três noites consecutivas, o nascimento do filho de D. Pedro Carlos, o infante D. Sebastião de Bourbon e Bragança. Quando foi notificado da morte de D. Maria I (primeira rainha reinante de Portugal), em 15 de junho de 1816, determinou que todo povo da vila e distritos vestisse luto rigoroso por seis meses e aliviado por outros seis. Ainda no Ceará, enfrentou revoltas populares e organizadas, tal como a Revolução Pernambucana, ou "Revolução de 1817", e suas extensões, o "movimento de 17 no Ceará". No Ceará, Bárbara de Alencar, pernambucana radicada no Cariri, e seu filho, Tristão Gonçalves, aderiram a esse movimento, mas foram detidos pelo Capitão-mor do Crato, José Pereira Filgueiras, por ordem do governador cearense Manuel Inácio de Sampaio.[7][8][9][10][11]
Governador de Goiás
Também foi governador-geral da capitania de Goiás. Por volta de 1821, os ares de revolta revolucionária chegaram às terras goianas, onde hoje é o estado do Tocantins. Sob a liderança do cônego Luiz Bartolomeu Marques, de José Cardoso de Mendonça e de Lucas Freire de Andrade; que em 14 de agosto de 1821 realizou-se uma fracassada tentativa de deposição do governador da Capitania, Manuel Inácio de Sampaio. O movimento, chamado "Nativismo do Norte", tinha também os capitães Felipe Antônio Cardoso e Francisco Xavier de Barros na sua composição. Mesmo diante do insucesso do movimento, a semente for plantada em Goiás, inspirando, inclusive, o efêmero “Governo Provisório da Província de São João da Palma" sob a iniciativa do desembargador Joaquim Teotônio Segurado. Segue então Manuel Inácio neste cargo até a Independência do Brasil em 1822. [12][13][14][15]
