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A edição de 1999-2000 da Liga de Honra foi a décima edição deste escalão do futebol português.

Foi disputada por 18 clubes: 3 despromovidos da Primeira Liga, 3 promovidos da II Divisão, e os restantes que tinham permanecido.

O vencedor foi o Paços de Ferreira. Acompanharam na subida à Primeira Divisão o Beira-Mar e o Desportivo das Aves, que ficaram em segundo e terceiro lugares respectivamente.

Moreirense, Esposende e Sporting da Covilhã foram despromovidos para a II Divisão.

Equipas a disputar a edição em relação à edição anterior

Despromovidas da Primeira Liga Académica de Coimbra Beira-Mar Desportivo de Chaves

Mantidos Desportivo das Aves Esposende Felgueiras Leça Maia Moreirense Naval Paços de Ferreira Penafiel Sporting de Espinho União de Lamas Varzim

Promovidos à 2ª Divisão de Honra Freamunde Imortal Sporting de Covilhã

Tabela classificativa

	Equipa	Pts	J	V	E	D	GM	GS	+/-	Comments
1.	Paços de Ferreira	65	34	19	8	7	56	31	+25	Promovidos à Primeira Divisão
2.	Beira-Mar	65	34	18	11	5	54	30	+24
3.	Desportivo das Aves	61	34	18	7	9	33	24	+9
4.	Varzim	60	34	17	9	8	53	33	+20
5.	Académica de Coimbra	57	34	16	9	9	55	37	+18
6.	Penafiel	56	34	14	14	6	52	33	+19
7.	Felgueiras	51	34	14	9	11	42	36	+6
8.	U. Lamas	46	34	14	4	16	39	50	-11
9.	Sp. Espinho	45	34	13	6	15	51	48	+3
10.	Freamunde	45	34	11	12	11	42	37	+5
11.	Leça	45	34	13	6	15	41	49	-8
12.	Chaves	44	34	11	11	12	46	45	+1
13.	Naval	42	34	11	9	14	53	55	-2
14.	Maia	42	34	11	9	14	35	44	-9
15.	Imortal	33	34	8	9	17	43	64	-21
16.	Moreirense	29	34	6	11	17	29	49	-30	Despromoção para a II Divisão
17.	Esposende	28	34	8	4	22	31	65	-34
18.	Sp. Covilhã	25	34	5	10	19	23	48	-25

Nota 1: cada vitória valia 3 pontos

Nota 2: quando dois ou mais clubes têm os mesmos pontos, a classificação é determinada pelos resultados dos jogos entre eles.

Melhor marcador

Marcos Nangi, mais conhecido como Marcão, futebolista brasileiro, foi o melhor marcador, tendo marcado 27 golos ao longo da época, que jogou pelo Varzim.

Treinadores

Alguns dos treinadores das equipas no decorrer da época:

Equipa	Treinador
Académica de Coimbra	Carlos Garcia
Beira-Mar	António Sousa
Felgueiras	Diamantino Miranda
Imortal	Ricardo Formosinho Paco Fortes
Maia	Horácio Gonçalves
Paços de Ferreira	José Mota
Penafiel	Luís Campos
Sp. Espinho	Carlos Carvalhal
Varzim	Rogério Gonçalves

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