Casou em Lisboa, na freguesia do Sacramento, em 28 de janeiro de 1703, com Constança Luisa Monteiro Paim (Lisboa, São Vicente de Fora, baptizada em 30.05.1687 - Porto, Cedofeita, 15.07.1757), 5.ª senhora do morgado de Alva e filha herdeira do secretário de Estado Roque Monteiro Paim, sem deixar descendentes[1].
Décadas mais tarde, em 1797, ao renovar o título de conde de Alva na pessoa de D. Luís Roque de Sousa Coutinho Monteiro Paim[2] (que era sobrinho-neto de Constança Luísa, a acima referida 1.ª condessa de Alva), a rainha D. Maria I refere D. João Diogo de Ataíde em termos muito elogiosos, escrevendo ter ele obtido o título "pelo valor e distinção com que havia servido na guerra da tríplice aliança, nos postos de general de cavalaria da província da Beira, mestre de campo general e governador das armas das províncias do Minho e Alentejo e, ultimamente, em capitão-general da armada real".[3]