O pai de Jan Kubelík era um jardineiro que gostava de tocar violino. Ele ensinou seus 2 filhos a tocar este instrumento. Posteriormente, ele descobriu o talento de Jan e o enviou para estudar com Karel Weber e Karl Ondříček. Aos 8 anos, Kubelík começou a estudar no Conservatório de Praga com Otakar Ševčík. Durante sua infância, Kubelík costumava praticar entre 10 e 12 horas por dia. Depois de 1898, ele fez uma turnê como solista e rapidamente se tornou um músico conhecido por seu grande virtuosismo, sua entonação impecável e seu tom muito completo e nobre. Kubelík jogou com um violino Guarnerius e também com dois violinos estradivário. Em 1910, ele adquiriu o violino 1715 Stradivarius Emperor.
Em 1903, Kubelík casou-se com a condessa Marianne Czáky-Szell, sobrinha do primeiro-ministro da Hungria, Colomán Széll.[1] Posteriormente, o casal teve oito filhos, dos quais se destacacou o futuro diretor de orquestra Rafael Kubelík.
Kubelík compôs música, incluindo seis concertos de violino, e continuou fazendo apresentações públicas até sua morte (fazendo uma pausa entre o final da Primeira Guerra Mundial e 1920, período durante o qual ele se dedicou exclusivamente a ser um compositor).