As origens do Instituto de Economia da UFRJ remontam à fundação da Faculdade de Ciências Econômicas e Administrativas do Rio de Janeiro (FCEARJ), fundada em 1938 pela Ordem de Economistas do Rio de Janeiro e a Sociedade Brasileira de Economia Política, que reunia estudiosos do mais alto escalão do ensino de economia da época, como Octávio Gouvêa de Bulhões e Eugênio Gudin.
A FCEARJ seria incorporada, em 1946, à então Universidade do Brasil (que só seria renomeada de UFRJ em 1965), e passou a chamar-se Faculdade Nacional de Ciências Econômicas (FNCE), e novamente rebatizada em 1965 como Faculdade de Economia e Administração (FEA). A criação da FNCE faria da instituição o primeiro curso de graduação em economia independente do Direito no Brasil. Em 1979, a UFRJ criaria ainda o Instituto de Economia Industrial (IEI), uma instituição voltada para o ensino de pós-graduação e para a pesquisa em economia. Em 1986, implementaria-se ainda o curso de doutorado.
Em 1996, o Departamento de Economia da FEA se fundiria ao IEI, unindo a graduação à pós-graduação e a pesquisa em economia. Dessa fusão surge o Instituto de Economia, resultado de um projeto histórico de construção de um núcleo universitário unificado para o ensino e a pesquisa de excelência em economia na UFRJ. Esta união possibilitou uma quantidade maior de disciplinas a serem ofertadas e uma interação mais intensa entre programas de graduação e pós-graduação na área de Economia.
Atlética Economia UFRJ
O Instituto de Economia da UFRJ conta, desde 2014, com uma atlética formada e gerida por alunos e ex-alunos do Instituto de Economia. Suas cores são preto e amarelo, e seu mascote é um morcego. Participa, desde 2016, dos Jogos Financeiros, competição a qual conquistou pela primeira vez em 2017, além de ser eleita a Melhor Torcida na edição inaugural. A atlética também foi campeão geral do Desafio Universitário de 2015, e conquistou mais três títulos de Melhor Torcida, na Supercopa em 2014 e 2017 e no Super 15 em 2015.