Recebeu o nome de British Salem School, em referência a uma escola estabelecida por Hahn no sul da Alemanha, Schule Schloss Salem (Escola do Castelo de Salem). Apesar de ser fiel à pátria, Hahn teve que deixar seu país depois que os nazistas ganharam o poder, porque ele tinha origem judaica e criticava o NSDAP. O próprio Kurt Hahn tinha sido educado na Universidade de Oxford.
Kurt deu grande ênfase à educação física e à disciplina militarista, proporcionando atividades como vela e montanhismo. Em sua administração, a escola tinha a reputação de ser bastante dura, com banhos frios e caminhadas pela manhã, bem como punições físicas, lá conhecidas como "penalty drill".
Na década de 1960, o então Príncipe Carlos foi matriculado na escola, sob a recomendação de seu pai, o Duque de Edimburgo, que tinha sido um dos primeiros estudantes da Gordonstoun, sendo educado anteriormente em Salem, na Alemanha. Os seus irmãos, príncipes André e Eduardo, seguiram mais tarde os passos do pai e do irmão mais velho. Dos quatro príncipes, três (Filipe, Carlos e Eduardo) foram nomeados Guardians, representando a escola em eventos e tomando responsabilidade de uma série de deveres. A Princesa Anne, a filha da Rainha Elizabeth II, foi a única que não estudou em Gordonstoun, porque até então meninas não eram aceitas, mas ela matriculou seus filhos, Peter e Zara Phillips, e serviu por algum tempo no conselho da escola.
A escola mudou dos tempos em que Charles estudou em Gordonstoun para cá; tanto meninos e meninas de famílias ricas ou pobres estudam na escola.
Alunos famosos
Todos os alunos da Gordonstoun são chamados de "Old Gordonstounians" ou de "OGs".