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Este forte foi erguido ao final do século XIX, assim como outros que lhe são contemporâneos ao longo da antiga via militar, com a função de servir como defesa última da capital, integrando o Campo Entrincheirado de Lisboa.
Ao longo de sua história, o forte foi utilizado como quartel militar e como fábrica de munições.
Atualmente encontra-se inscrito numa zona degradada da cidade em fase de requalificação.
A cerca de cinquenta metros dos seus muros passa o novo troço do Eixo Norte-Sul, o que provocou a construção de um túnel.
No final do séc. passado o Ministério da Cultura e o Ministério da Defesa Nacional chegaram a um protocolo que visava o uso de parte do Forte da Ameixoeira pelo Ministério da Cultura, que tencionava requalificá-lo para abrigar reservas técnicas patrimoniais dos museus, palácios e monumentos nacionais.[1]
Em 2004 cogitou-se da instalação, no Forte, dos vários serviços de inteligência República portuguesa e, posteriormente, apenas do Serviço de Informações de Segurança,[2] seu actual ocupante.
