Entre 5% a 10% da população são muçulmanos, a maioria dos quais vive em Mindanao, Palawan e do arquipélago de Sulu, uma área conhecida como Bangsamoro ou da região Moro. Alguns migraram para zonas urbanas e rurais em diferentes partes do país. A maioria dos muçulmanos filipinos prática, uma forma de islamismo sunita, enquanto outros grupos tribais, como o Bajau, prática de uma forma mista com animismo.