O primeiro jogo das finais foi realizado em Buenos Aires, na Argentina, no Estádio Alberto J. Armando (La Bombonera), onde as equipes empataram por 2 a 2. O segundo jogo, foi disputado no Estádio Cícero Pompeu de Toledo (Morumbi), onde houve empate por 0 a 0. Com a igualdade em ambos os jogos, o campeonato foi decidido nos pênaltis, com vitória do Boca por 4 a 2.
Antes de superar o Palmeiras na final, o Boca se classificou em primeiro lugar no Grupo 2 da competição, que contou também com as equipes do Peñarol, do Uruguai; Blooming, da Bolívia; e Universidad Católica do Chile. Nas oitavas-de-final, eliminou o El Nacional, do Equador. Nas quartas-de-final, superou o arquirrival argentino River Plate. Nas semifinais, eliminou o América do México.
Os destaques do Boca na conquista do campeonato foram o técnico Carlos Bianchi, que já havia vencido a Libertadores de 1994 com o Vélez Sarsfield, também da Argentina, e o meio-campista Riquelme. Na finalíssima, destaque também para o goleiro colombiano Córdoba, que defendeu dois pênaltis do Palmeiras nas cobranças decisivas e que foi eleito o melhor jogador da partida.
A Libertadores de 2000 foi a primeira na qual o campeão do ano anterior não ingressou automaticamente nas oitavas-de-final da competição. Com isso, mesmo com o título de 1999, o Palmeiras disputou a classificação na fase de grupos.
Outras novidades foram o aumento dos grupos da fase inicial, de cinco para oito, e a classificação apenas dos dois primeiros colocados de cada chave para as oitavas-de-final. Nos anos anteriores, o terceiro colocado de cada grupo também seguia à fase seguinte.
Marcos, figura decisiva nas semifinais da Libertadores de 2000
Além do retorno do Boca ao topo da América depois de 22 anos, a Libertadores de 2000 ficou marcada pela fase semifinal, que reuniu duas equipes brasileiras: o Palmeiras e o Corinthians. O duelo, vencido nos pênaltis pelo Palmeiras, já retratava a maior rivalidade do futebol paulista, mas também trazia como ingredientes o fato de o Palmeiras defender o título continental de 1999 e o Corinthians conquistar, no início de 2000, o primeiro Campeonato Mundial de Clubes da Fifa.
Outro detalhe importante do confronto era que o Palmeiras havia eliminado, nos pênaltis, o mesmo Corinthians um ano antes, nas quartas-de-final, da Libertadores de 1999, em dois jogos bastante disputados. Desta maneira, os novos confrontos, realizados no Estádio do Morumbi, foram vistos como uma forma de revanche corintiana sobre seu arquirrival.
Na primeira partida das semifinais da Libertadores de 2000, o Corinthians venceu o Palmeiras por 4 a 3. Depois de abrir o placar com um gol do meio-campista Ricardinho e permitir que a equipe alviverde empatasse o jogo em 3 a 3, o alvinegro decidiu o jogo nos minutos finais, com um gol do volante Vampeta.
A partida decisiva teve doses elevadas de emoção, já que contou com duas viradas de placar. O Palmeiras abriu a contagem com um gol do atacante Euller. O Corinthians chegou à primeira virada com dois gols de Luizão. O Palmeiras virou novamente o jogo e definiu o placar em 3 a 2, com gols de Alex e Galeano.
Com a igualdade no saldo de gols, a classificação para a próxima fase entre as duas equipes foi, pelo segundo ano consecutivo, definida nas cobranças de pênalti. O Palmeiras eliminou o Corinthians, pois converteu as cinco cobranças, enquanto o adversário desperdiçou o último tiro livre direto, depois que o goleiro Marcos defendeu a cobrança do ídolo corintiano Marcelinho Carioca, num dos momentos mais marcantes da história da competição e do próprio Derby Paulista.[2][3]
Oficialmente a CONMEBOL não reconhece uma classificação geral de participantes na Copa Libertadores. A tabela a seguir classifica as equipes de acordo com a fase alcançada e considerando os critérios de desempate.[5]
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