No decorrer do século XVIII foi consideravelmente ampliado, primeiro com a construção da basílica e, depois, com o acrescento de mais um pavimento no primitivo edifício.
Entretanto, a 20 de setembro de 1844, instalou-se também no edifício o Liceu de Braga com a denominação de Liceu Nacional de Braga.
As dependências do antigo convento tiveram outros aproveitamentos, embora mais efémeros, como por exemplo, Quartel-general da Brigada do Minho, enfermaria provisória durante uma epidemia de cólera, e repartições públicas tais como Governo Civil e Finanças.
Em 1921 o Liceu mudou-se para o antigo Colégio do Espírito Santo dando origem ao Liceu Nacional Sá de Miranda. Nesse mesmo ano, em Dezembro, instalou-se no espaço ocupado pelo liceu a escola do Magistério Primário de Braga. Dois anos depois, em 1933, a biblioteca saiu também do edifício, mudando-se para o Paço Arquiepiscopal.
O Magistério Primário de Braga permaneceu até 1989, altura em que foi substituído pelo então Centro Integrado de Formação de Professores da Universidade do Minho, que na época tomou posse de todo o património existente. Mais tarde foi instalado o Instituto de Estudos da Criança, ficando lá sediado até ao ano de 2007.
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